使用eHOF包使用R在for循环中绘图

我想使用R包eHOF运行大量（~100）个eHOF模型，生成这个包可以生成的模型图，并保存每个模型的jpeg文件。我试图使用for循环来快速完成这项工作，但我无法让它生成图形。我在R studio plots窗口中看不到任何内容，我生成的jpeg文件中没有任何内容（顺便提一下，我没有在循环中正确生成jpeg文件的名称）

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要生成这些图，在循环之外没有问题，例如，如果我调用我的模型modSP，这里会发生一些事情：

您的

SpeciesCodes

向量的代码与

HOF_Sp

中的列名不同

seq_-along（…）

返回参数中每个元素的索引，而不是元素本身

当类

HOF

的对象被传递到

plot（…）

时，调用

HOF

的

plot

方法。但是你正在通过粘贴（c（HOF）），这是不可理解的

您的示例不可复制，因为它没有使用您提供的数据运行（您是否尝试运行它？？）。具体而言，

HOF_Sp

的样本是退化的，因为不存在非零值

由于上面（4）的原因，我无法测试此代码，但请尝试以下方法：

SpeciesCodes <- c("ACPE","ACRU2","ACSP2")
for (Spp in SpeciesCodes) {
  model <- HOF(HOF_Sp[[Spp]],GDD, M=1,family=binomial, bootstrap=2, freq.limit = 100)
  jpeg(filename = (paste(("GDD_responsecurve_",Spp,".jpg"),sep="")),
       width =8.3, height = 8.3, units = "cm", pointsize = 8, bg="white", res = 800)  
  plot(model, boxp = TRUE,
       las.h = 1, onlybest = TRUE, para = TRUE,
       gam.se = FALSE, newdata = NULL, lwd=1, leg = TRUE, add=FALSE, 
       xlabel="Growing degree days", ylab="Probability")
  dev.off()
}

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哈利路亚！这是可行的，除了我编辑了一点代码，所以现在：SpeciesCodes

species<- read.csv("F:/Thesis_projects/Chapter4_climateChange/HOF/259species.csv")
species<-as.data.frame(species)
enviro<-read.csv("F:/Thesis_projects/Chapter4_climateChange/HOF/EnvironmentalData.csv")
enviro<-as.data.frame(enviro)
species_enviro<-merge(enviro, species, all.x=FALSE)
HOF_Sp<-species_enviro[,23:25]
GDD<-species_enviro[,19]
library(eHOF)

SpeciesCodes<-c("ACPE","ACRU2","ACSP2")
Modx<-NULL
for (Spp in seq_along(SpeciesCodes)){

  Modx[[Spp]]<-HOF(HOF_Sp[[Spp]],GDD, M=1,family=binomial, bootstrap=2, freq.limit = 100)

  jpeg(filename = (paste(("GDD_responsecurve_",SpeciesCodes[[Spp]],".jpg"),sep="")),
     width =8.3, height = 8.3, units = "cm", pointsize = 8, bg="white", res = 800)

  print(plot((paste(c(Modx[[Spp]]))), boxp = TRUE,
    las.h = 1, onlybest = TRUE, para = TRUE,
    gam.se = FALSE, newdata = NULL, lwd=1, leg = TRUE, add=FALSE, 
    xlabel="Growing degree days", ylab="Probability"))

   dev.off()
                                    }

> head(GDD)
[1] 996.1681 996.1681 962.0662 962.0662 945.7007 945.7007

   > head(HOF_Sp)
      ACMI2 ACPA ACPE
    1     0    0    0
    2     0    0    0
    3     0    0    0
    4     0    0    0
    5     0    0    0
    6     0    0    0

SpeciesCodes <- c("ACPE","ACRU2","ACSP2")
for (Spp in SpeciesCodes) {
  model <- HOF(HOF_Sp[[Spp]],GDD, M=1,family=binomial, bootstrap=2, freq.limit = 100)
  jpeg(filename = (paste(("GDD_responsecurve_",Spp,".jpg"),sep="")),
       width =8.3, height = 8.3, units = "cm", pointsize = 8, bg="white", res = 800)  
  plot(model, boxp = TRUE,
       las.h = 1, onlybest = TRUE, para = TRUE,
       gam.se = FALSE, newdata = NULL, lwd=1, leg = TRUE, add=FALSE, 
       xlabel="Growing degree days", ylab="Probability")
  dev.off()
}