R 比较两个GAM的模型拟合

R 比较两个GAM的模型拟合,r,statistics,vgam,R,Statistics,Vgam,我有一个矩阵Expr,其中行表示变量,列表示样本。 我有一个称为组的分类向量(包含“a”、“B”或“C”) 我想测试哪些变量“Expr”可以用样本属于组的事实来解释 我的策略是用广义加性模型(负二项分布)对问题进行建模。 然后我想用似然比检验,以变量的方式,得到每个变量的p值。 我有: require(VGAM) m听起来你想用Expr作为你的预测因子,它认为你的公式可能是反的。答案应该在左边,所以我猜在你的例子中是分组 如果Expr是data.frame,则可以使用 m <- vgam(

我有一个矩阵
Expr
,其中行表示变量,列表示样本。 我有一个称为
的分类向量(包含“a”、“B”或“C”)
我想测试哪些变量“Expr”可以用样本属于
组的事实来解释

我的策略是用广义加性模型(负二项分布)对问题进行建模。 然后我想用似然比检验,以变量的方式,得到每个变量的p值。 我有:

require(VGAM)

m听起来你想用
Expr
作为你的预测因子,它认为你的公式可能是反的。答案应该在左边,所以我猜在你的例子中是分组

如果
Expr
data.frame
,则可以使用

m <- vgam(group ~ ., Expr, family=negbinomial)

也许应该可以,但你可能会得到一些看起来有点奇怪的系数标签。

你能再解释一下为什么这不起作用吗?或者你期望它做什么?基本上你是在测试一个有
组的模型是否比没有它的模型好。这是对
组的总体测试。听起来你在做你想做的事情。@Flick先生通常这就是你想做的事情,但我在这里尝试做的有点不同。我想测试Expr的每个变量,如果分组的模型比Expr~1好,那基本上就是噪声。我将使用p值来确定组间变量的变化
lr <- lrtest(m, m_alternative)
m <- vgam(group ~ ., Expr, family=negbinomial)
m <- vgam(group ~ Expr, family=negbinomial)