R:如何使用';翻译';函数来写一个表?

R:如何使用';翻译';函数来写一个表?,r,sequence,bioinformatics,write.table,R,Sequence,Bioinformatics,Write.table,我有一个文件()包含2个DNA序列(ORF): 我想把它们转换成氨基酸: t=vector(mode="list", length=length(data)) for (i in seq_along(data)) { t[[i]]=translate(data[[i]]) } t #[[1]] #19-letter "AAString" instance #seq: MTPTSIPTLLSRCPASLP* #[[2]] #18-letter "AAString" instance #seq:

我有一个文件()包含2个DNA序列(ORF):

我想把它们转换成氨基酸:

t=vector(mode="list", length=length(data))
for (i in seq_along(data))
{
t[[i]]=translate(data[[i]])
}
t
#[[1]]
#19-letter "AAString" instance
#seq: MTPTSIPTLLSRCPASLP*

#[[2]]
#18-letter "AAString" instance
#seq: MTHEHHAAKTLGIGKAI*
然后编写一个表,并使用以下命令进行输出:

tt=do.call(rbind,t)
write.table(tt,"aa.txt",sep="\t\t")
但是这些命令不起作用。我找不到问题。我怎么写表格

注:
translate
是来自[
sekinr
]的函数,
readDNAStringSet
是来自[
]的函数。

我不知道您为什么需要sekinr。Biostrings提供您所需的一切

library("Biostrings")

dna <- readDNAStringSet(file="data.txt")
aa <- translate(dna)

write.table(as.character(aa), file="aa.txt", sep="\t\t")
库(“生物串”)

dna“不工作”是什么意思?这两个向量的长度不同,如果你
rbind
它们,应该会导致警告。@Ronald:“tt=do.call(rbind,t)”:在.Method(…,deparse.level=deparse.level)中出错:没有方法将此S4类强制为在黑暗中拍摄的向量:尝试不要使用
t
作为变量名。再试一次,但命名为
t1
或其他东西。@Ronald:每个向量有3列。@joran:我试过了,但没有区别!@非常感谢。
library("Biostrings")

dna <- readDNAStringSet(file="data.txt")
aa <- translate(dna)

write.table(as.character(aa), file="aa.txt", sep="\t\t")