为什么'parameters:：model_parameters'为负二项式'rstanarm'模型抛出错误

我试图为

stan\u glmer.nb

（

rstanarm

）输出创建一个表，但是来自包

parameters

的

model\u parameters

抛出了一个奇怪的错误，我不确定如何解决。也许这是一个错误

缩短的

sessionInfo（）

版本信息输出：

R version 4.0.2 (2020-06-22)
Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit)
Running under: Windows 7 x64 (build 7601) Service Pack 1

parameters_0.8.2
rstanarm_2.21.1

一个可重复的例子：

library(rstanarm)
library(parameters)

x<-rnorm(500)
dat<-data.frame(x=x,z=rep(c("A","B","C","D","E"),100), y=.2+x*.7)

mod1<-stan_glmer(y~x+(x|z),data=dat)

model_parameters(mod1, effects="all")

该模拟数据存在一些模型收敛问题等，但

model\u参数

适用于

glmer.nb

模型，但不适用于

stan\u glmer.nb

模型。知道这是怎么回事吗

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我在使用完全不同的数据集时遇到了相同的问题，仍然无法理解为什么在

parameters:：model_parameters

中“replacement”比“data”多2行（请参见上面的错误）。另外一行可能是函数不期望的

倒数离散

参数，但不确定函数为什么会有负二项GLMM的错误，这是非常常见的

请注意，

sjPlot

软件包中的

tidy_stan

功能仍然适用于这些型号，但会发出警告：

Warning message:
'tidy_stan' is deprecated.
Use 'parameters::model_parameters()' instead.
See help("Deprecated") 

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然而，如上所述，

parameters:：model_parameters（）

还不能正常工作。

尽管这是一个相当大的挑战，但我最终还是发现了这个错误（并且有一个简单的修复方法，如果太长而无法阅读，请参阅本文末尾）。我通过查找导致错误的指令来汇集线程。 首先是：

model_parameters(model = mod2, effects="all")

在以下位置失败：

parameters:::model_parameters.stanreg(model = mod2, effects="all", prior = T)

params <- parameters:::.extract_parameters_bayesian(mod2, centrality = "median", 
dispersion = F, ci = 0.89, ci_method = "hdi", 
test = "pd", rope_range = "default", rope_ci = 1, 
bf_prior = NULL, diagnostic = "ESS", priors = T, 
effects = "fixed", standardize = NULL)

parameters <- bayestestR:::describe_posterior.stanreg(mod2, centrality = "median", 
dispersion = F, ci = 0.89, ci_method = "hdi", 
test = "pd", rope_range = "default", rope_ci = 1, 
bf_prior = NULL, diagnostic = "ESS", priors = T)

priors_data <- bayestestR:::describe_prior.stanreg(mod2)

priors <- insight:::get_priors.stanreg(mod2)

在以下位置失败：

parameters:::model_parameters.stanreg(model = mod2, effects="all", prior = T)

params <- parameters:::.extract_parameters_bayesian(mod2, centrality = "median", 
dispersion = F, ci = 0.89, ci_method = "hdi", 
test = "pd", rope_range = "default", rope_ci = 1, 
bf_prior = NULL, diagnostic = "ESS", priors = T, 
effects = "fixed", standardize = NULL)

parameters <- bayestestR:::describe_posterior.stanreg(mod2, centrality = "median", 
dispersion = F, ci = 0.89, ci_method = "hdi", 
test = "pd", rope_range = "default", rope_ci = 1, 
bf_prior = NULL, diagnostic = "ESS", priors = T)

priors_data <- bayestestR:::describe_prior.stanreg(mod2)

priors <- insight:::get_priors.stanreg(mod2)

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事实上，这是一个bug，应该报告（只是bug处于依赖项的依赖项中；例如R-package“insight”）.

使用performance v 0.6.1，我得到Stan/NB模型的空白/空输出，而不是错误…这：

dat@BenBolker我不确定我是如何意外地编写了
performance
而不是
parameters
，但它看起来并不像
performance
那样被调用-很抱歉混淆了。为清晰起见，对问题进行了编辑。@Smithgoestowashington先生抱歉，我已经将
x=rnorm（500）
拉到了数据帧参数之外，现在应该可以工作了。当我创建这个问题时，我一定已经运行了这条线，并且在我的工作环境中有x。也许需要考虑的是：neg bin是离散的。。尝试另一个离散分布，我得到了相同的错误。。