在R中的IGRAPHE oblect中转换2个txt文件
下午好。在R中的IGRAPHE oblect中转换2个txt文件,r,igraph,graph-visualization,R,Igraph,Graph Visualization,下午好。 我有2个txt文件。一个包含一列节点和其他链接(由包含0(无链接)和1(定向链接)的空格分隔的多列)。文件中没有任何类型的标题。 我想在R中导入并在图形对象中转换它们。 节点文件示例。(第1列) 链接文件示例。(多列) 我试过了,但没有成功。 我将它们转换为Excel,但没有成功。 请告诉我需要您的帮助…这里有一种从两个文件创建图形的方法,一个是节点名称,另一个是邻接矩阵 假设文件名如下所示: nodesfile <- "nodes.txt" linksf
我有2个txt文件。一个包含一列节点和其他链接(由包含0(无链接)和1(定向链接)的空格分隔的多列)。文件中没有任何类型的标题。
我想在R中导入并在图形对象中转换它们。
节点文件示例。(第1列) 链接文件示例。(多列) 我试过了,但没有成功。
我将它们转换为Excel,但没有成功。
请告诉我需要您的帮助…这里有一种从两个文件创建图形的方法,一个是节点名称,另一个是邻接矩阵 假设文件名如下所示:
nodesfile <- "nodes.txt"
linksfile <- "links.txt"
现在,首先强制将上面的向量链接到矩阵,然后创建图形。下面的代码假设图形是定向的,请参阅帮助(“graph\u from\u adjacement\u matrix”)
库(igraph)
链接行数必须等于列数。邻接矩阵是否与您发布的相同?如果没有,请给出一个更好的示例。是的,它们是……我刚刚给出了一个示例。我有128行,其中一列只是基因代码,另一个txt文件是128x128。是否存在将这两个文件附加到此处的方法?完美你太棒了!我得到了图形!但是g现在是一个igraph对象?@Adam是的,g
是一个igraph对象,试试class(g)
。一切正常,但当我试图用CINNA软件包分析图形可视化图(g,centrality.type=“重心centrality”)时,我在可视化图(g,centrality.type=“重心centrality”)时出现错误:输入不是IGRAPHE对象或可能未连接。@Adam它是IGRAPHE对象。只有您才能判断它是否与函数连接。如果不是,请将其分解为连接的组件。我将尝试此操作。谢谢!
0 0 0 1 0
1 0 1 0 0
0 0 0 0 0
nodesfile <- "nodes.txt"
linksfile <- "links.txt"
nodes <- scan(file = nodesfile, what = character())
links <- scan(file = linksfile)
library(igraph)
links <- matrix(links,
nrow = length(nodes),
byrow = TRUE,
dimnames = list(nodes, nodes))
g <- graph_from_adjacency_matrix(links)
plot(g)