R 选择表示两个位置之间范围的行，以便仅包括至少包含另一个表的一个位置的间隔

仅当间隔（开始/结束）至少包含“地图”表格的一个“位置”（开始）时，我需要保存“参考”中的行：

参考“ref”表的示例：

ref
更详细的：

rows_to_keep <- ref$start %in% map$start | ref$end %in% map$start
rows_to_keep
# [1]  TRUE  TRUE FALSE  TRUE

ref[rows_to_keep, ]
#    chr start end
# 1 chr1     1   2
# 2 chr2     2  10
# 4 chr2     6  10

根据本主题保留行
""
“一般来说，使用bioconductor package IRanges来处理与间隔相关的问题是非常合适的”
给你：

library("GenomicRanges")
library("data.table")


gr1 = with(ref, GRanges(Rle(factor(chr, 
                                       levels=c("chr1", "chr2"))), IRanges(start, end)))

gr2 = with(map, GRanges(Rle(factor(chr, 
                                        levels=c("chr1", "chr2"))), IRanges(start, start)))

olaps<-subsetByOverlaps(gr1, gr2)

olaps <- as.data.frame(olaps)
col_headings <- c('chr','start', 'end', 'width', 'strand')
names(olaps) <- col_headings

final <- subset(olaps, select = c("chr", "start", "end"))

    > final
       chr start end
    1 chr1     1  10
    2 chr1    30  40
    3 chr2    80  90

库（“基因组范围”）
库（“数据表”）
gr1=带（参考，格兰杰（Rle）系数（chr，
级别=c（“chr1”、“chr2”）），伊朗（开始、结束）
gr2=带（地图、格兰杰（Rle）系数（chr、，
级别=c（“chr1”、“chr2”）），伊朗（开始，开始）
olapsI知道这个例子中的结果是一样的，但是这个命令没有考虑chr（染色体编号）…而且，看起来这没有得到映射表之间的间隔。仅当map（开始）中包含的某些值在“ref”（开始-结束）范围内时)@Fpertille这两条评论都是正确的；但是，从给定的示例来看，这些要求并不明显。在这一点上，我建议发布一个新的问题和示例数据集来说明这些细节。我必须感谢您的好答案，并对坏示例表示抱歉，但我提出的问题是：仅当间隔（开始/结束）包含（在）“map”表的至少一个“position”（开始）时，我才需要保存“ref”中的行。根据StackOverflow规则，我不应该做多余的新问题。@Fpertille您能更具体一点，编辑您的问题吗？给出一些应该“通过”逻辑的事情和应该“失败”的事情的例子——这听起来与其他一些帖子类似：
final<-"chr start end
chr1 1 10 
chr1 30 40 
chr2 80 90"
final<-read.table(text=final,header=T)

ref$tag <- paste0(ref$chr, "-", ref$start)
ref$tag1 <- paste0(ref$chr, "-", ref$end)
map$tag <- paste0(map$chr, "-", map$start)

ref[ref$start %in% map$start | ref$end %in% map$start, ]

rows_to_keep <- ref$start %in% map$start | ref$end %in% map$start
rows_to_keep
# [1]  TRUE  TRUE FALSE  TRUE

ref[rows_to_keep, ]
#    chr start end
# 1 chr1     1   2
# 2 chr2     2  10
# 4 chr2     6  10

library("GenomicRanges")
library("data.table")


gr1 = with(ref, GRanges(Rle(factor(chr, 
                                       levels=c("chr1", "chr2"))), IRanges(start, end)))

gr2 = with(map, GRanges(Rle(factor(chr, 
                                        levels=c("chr1", "chr2"))), IRanges(start, start)))

olaps<-subsetByOverlaps(gr1, gr2)

olaps <- as.data.frame(olaps)
col_headings <- c('chr','start', 'end', 'width', 'strand')
names(olaps) <- col_headings

final <- subset(olaps, select = c("chr", "start", "end"))

    > final
       chr start end
    1 chr1     1  10
    2 chr1    30  40
    3 chr2    80  90