从R中的fasta点图提取值

我有一个2个fasta序列的点图（使用seqinr包中的dotplot（）），我需要从图中提取一些值（x，y）

我尝试使用identify（），它与“正常”绘图一起工作，并返回一个带有绘图中单击值的向量，但在点绘图上不起作用

任何可能的解决方案都是受欢迎的，包括在shell或python中使用dotter。

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谢谢

dotPlot

使用

图像

绘制点。因此，当调用

identify

时，没有需要识别的“点”。如果您绘制这两个序列并使用与

dotPlot

相同的逻辑，您将获得更大的成功

seq2 <- seq1 <- paste(sample(c("A","G","T","C"), 100, repl=TRUE), collapse="")
for ( i in sample(1:100, 20) ) { seq2 <- 
  paste0(substr(seq2, 1, i-1), "Z", substr(seq2, i+1, nchar(seq2) ) )}
plot(NA, xlim=c(0,100), ylim=c(0,100)); 
for ( i in 1:100 ) { 
           if(substr(seq1,i,i)==substr(seq2, i,i) ){ points(i,i)}
pts <- identify(1:100, 1:100, n=5)

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seq2多亏了德温，我终于得到了我需要的东西

seq1 <- paste(sample(c("A","G","T","C"), 100, repl=TRUE), collapse="")
seq2 <- paste(sample(c("A","G","T","C"), 100, repl=TRUE), collapse="")

plot(NA, xlim=c(0,100), ylim=c(0,100),type="p"); 
for ( i in 1:100 ) 
    {  for ( j in 1:100 ) 
    {  if(substr(seq1,i,i)==substr(seq2, j,j) ) points(j,i)
       }}
pts <- identify(1:100, 1:100, n=5)

seq1您是否有用于创建绘图的代码，或者只是一个图像文件？老实说，我不知道，我使用的功能是这个，它看起来像一个图像文件……但我不确定，您是在R图形窗口中单击绘图，还是单击从文件系统打开的JPEG或PNG。您是否可以访问用于创建绘图的代码，或者是其他人为您创建的？是的，我正在使用identify（）函数在R figure窗口中单击绘图。绘图是由seqinr包的dotPlot（）函数创建的，因此我只提交要对齐的输入字符文件。谢谢你的帮助你的脚本工作，但我需要自动重复的动机搜索，所以我不仅要寻找对角线，还要寻找序列中的小对齐。例如，类似于（）的东西，我认为类似于seq1的东西，Z只是我插入的一个不匹配的字母。我想要更多的匹配而不是不匹配。我不做遗传学，只是试图说明
识别
的能力来“工作”一些模糊的东西，就像我在
？点图
示例中看到的那样。如果我要用一个数据框来保存残留物，我就不需要粘贴了。这几乎是我需要的，我需要比较seq1的任何位置和seq2的任何位置，我会使用你的函数，我会尝试在strsplit上添加另一个for loop，可能是'outer'，带有split=“”。我现在正在路上，而您没有提供一个可行的数据对象。也许会问一个关于数据的新问题？好的，我会的，这是我在这里的第一个问题
l=100
seq1 <- paste(sample(c("A","G","T","C"), l, repl=TRUE)) 
seq2 <- paste(sample(c("A","G","T","C"), l, repl=TRUE)) 
plot(NA, xlim=c(0,100), ylim=c(0,100),type="p"); 
for (i in 1:l) for (j in i:l) if(seq1[i]==seq2[j]) points(j,i)
pts <- identify(1:100, 1:100, n=5)