R Gviz中的注释轨迹

有使用

bioconductor

软件包：

Gviz

经验的人是否知道如何在

DataTrack

上直接添加

AnnotationTrack

例如，在

ggplot2

中，我可以使用+

geom_text

添加到预退出打印，但我无法找到

Gviz

的类似功能

---

谢谢

虽然这不是您想要的，但一个可能的解决方案是添加一个覆盖您感兴趣区域的

HighlightTrack

。虽然这不会专门为

数据轨道

添加关键元素，但它将有助于突出显示不同

数据轨道之间的对齐方式

示例：

library(Gviz)
library(GenomicRanges)
data(geneModels)
data(cpgIslands)
gen <- genome(cpgIslands)
chr <- 1
start <- 120005434
end <- 129695434
itrack <- IdeogramTrack(genome = gen, chromosome = chr)
gtrack <- GenomeAxisTrack()
grtrack <- GeneRegionTrack(geneModels, genome = gen, chromosome = chr, name = "foo")
htrack <- HighlightTrack(trackList = list(gtrack, grtrack), start = 121535434, end = 124535434, chromosome = chr)
plotTracks(list(itrack, htrack), from = start, to = end)

库（Gviz）
文库（基因组范围）
数据（基因模型）
数据（cpgIslands）
gen虽然这不是您想要的，但一个可能的解决方案是添加一个覆盖您感兴趣区域的
HighlightTrack
。虽然这不会专门为
数据轨道
添加关键元素，但它将有助于突出显示不同
数据轨道之间的对齐方式

示例：

library(Gviz)
library(GenomicRanges)
data(geneModels)
data(cpgIslands)
gen <- genome(cpgIslands)
chr <- 1
start <- 120005434
end <- 129695434
itrack <- IdeogramTrack(genome = gen, chromosome = chr)
gtrack <- GenomeAxisTrack()
grtrack <- GeneRegionTrack(geneModels, genome = gen, chromosome = chr, name = "foo")
htrack <- HighlightTrack(trackList = list(gtrack, grtrack), start = 121535434, end = 124535434, chromosome = chr)
plotTracks(list(itrack, htrack), from = start, to = end)

库（Gviz）
文库（基因组范围）
数据（基因模型）
数据（cpgIslands）
gen您是否阅读过小插曲，例如，
小插曲（“Gviz”）
，或者特别是第2节中的小插曲，以便快速概述？我想您应该使用
plotracks（）
，提供轨迹列表作为第一个参数。是的！我一直在整理文件
plotTracks（）
将在同一绘图/pdf中同时绘制
AnnotationTrack
和
DataTrack
——但我希望一个接一个地使用Annotation Track功能在
DataTrack
中的数据上直接添加特定染色体区域的一些关键元素（例如，当着丝粒相对于数据中观察到的模式落下时，等等），我意识到可以在
IdeogramTrack
中观察到着丝粒，但同样，我对叠加两个轨迹的可能性感兴趣，以使特定的关系更为直观。您是否阅读过小晕图，例如
小晕图(“Gviz”）
或在第2节中快速概述？我想您应该使用
plotracks（）
，提供轨迹列表作为第一个参数。是的！我已经浏览了文档…
plotracks（）
将在同一个绘图/pdf中绘制
AnnotationTrack
和
DataTrack
——但我希望一个接一个地使用Annotation Track功能在
DataTrack
中的数据上直接添加特定染色体区域的几个关键元素（例如，当着丝粒相对于数据中观察到的模式落下时，等等），我意识到可以在
IdeogramTrack
中观察到着丝粒，但同样，我对叠加两个轨迹的可能性感兴趣，以使特定的关系更加直观。