可以从个人存储库在集群上安装和运行R包吗?

可以从个人存储库在集群上安装和运行R包吗?,r,R,R安装在我们的大学集群上,但用户没有在主存储库中安装软件包的权限。是否可以在我的用户登录中设置个人或临时存储库,以便安装和运行R软件包 我一直在尝试使用install.packages安装程序包: >install.packages('BiocInstaller_1.13.2.tar.gz', destdir="/home/jti222/programs", lib="/home/jti222/R", repos=NULL, type="source") 然后返回以下消息: /share

R安装在我们的大学集群上,但用户没有在主存储库中安装软件包的权限。是否可以在我的用户登录中设置个人或临时存储库,以便安装和运行R软件包

我一直在尝试使用install.packages安装程序包:

>install.packages('BiocInstaller_1.13.2.tar.gz', destdir="/home/jti222/programs",
lib="/home/jti222/R", repos=NULL, type="source")
然后返回以下消息:

/share/cluster/apps/R/2.8.1/lib64/R/bin/INSTALL: line 280: /usr/bin/sed: No such 
file or directory
ERROR: cannot extract package from 'BiocInstaller_1.13.2.tar.gz'
Warning message: In install.packages("BiocInstaller_1.13.2.tar.gz", destdir =    
"/home/jti222/programs",  : installation of package 'BiocInstaller_1.13.2.tar.gz' 
had non-zero exit status
是否有遗漏的论点或不可能这样做


谢谢你的帮助

R2.8.1是非常古老的2009年?;当您尝试安装.packages或s时,最新版本会询问ourcehttp://biocondcutor.org/biocLite.R; biocLite,如果你想在你自己的库中安装这个软件包,也就是说,这正是你想要做的!此外,BioInstaller的版本设计用于与特定版本的R配合使用,版本1.13.*旨在与当前的开发配合使用,成为R的3.1版本;在几年前的R

请您的系统管理员安装最新的R;有一个运行旧软件的奇特集群是没有意义的

或者自己安装。这其实并不难,这可能是一种轻描淡写的说法,特别是如果安装的软件与R软件一样旧;这是你的名字;您只需要了解第1节和第2.1节,大致如下

mkdir ~/src && cd ~/src
svn checkout https://svn.r-project.org/R/trunk/ R-devel
R-devel/tools/rsync-recommended
mkdir ~/bin/R-devel && cd ~/bin/R-devel
~/src/R-devel/configure && make -j

~/bin/R-devel/bin/R
可能会让你一路走到那里。如果存在重大问题,例如缺少libxml或其他缺少/过时的库,那么最好与系统管理员联系