闪亮的绘图显示在RStudio窗口中，而不是浏览器中

如果您在RStudio中运行以下代码，它将正确显示两个绘图，但如果您做了一个小更改（如下所述），它将不再显示第二个绘图

（请注意，

examplePathways

和

exampleRanks

由fgsea包提供，因此以下代码应该可以按原样运行。）

然后，第二个绘图突然出现在RStudio查看器窗口中，而不是浏览器中

这里发生了什么导致这种行为？我如何在不运行两次

runAnalysis（）

的情况下修复它

更新：事实上，下面的内容更简单地显示了问题，并且不涉及任何问题。如果我运行以下代码，则该绘图将显示在RStudio绘图查看器中，即使它已存储到变量中（但PlotEnrich的情况并非如此）：

库（dplyr）
图书馆（fgsea）
图书馆（GG2）
gseaResult这是由于
plotGseaTable
正在调用
grid.arrange
，从而呈现到当前设备。这就是为什么直接从反应性上下文运行它是有效的，而在反应性上下文之外运行它则不是

解决方案是让
plotGseaTable
返回grob，然后在反应式上下文中进行渲染，如下所示：

library(grid)

...

runAnalysis <- function() {
  ...
  # The render = FALSE here (not yet available in fgsea)
  # which allows the plot to be rendered later
  gseaPlot <- plotGseaTable(examplePathways[topPathways], exampleRanks, gseaResult, render = FALSE)
  ...
}

server <- function(input, output, session) {
  theAnalysis <- runAnalysis()
  output$gseaEnrichment <- renderPlot({
    theAnalysis$gseaEnrichment
  })
  output$gseaPlot <- renderPlot({
    grid.draw(theAnalysis$gseaPlot)
  })
}

库（网格）
...
运行分析这是由于
plotGseaTable
正在调用
grid.arrange
，从而呈现到当前设备。这就是为什么直接从反应性上下文运行它是有效的，而在反应性上下文之外运行它则不是

解决方案是让
plotGseaTable
返回grob，然后在反应式上下文中进行渲染，如下所示：

library(grid)

...

runAnalysis <- function() {
  ...
  # The render = FALSE here (not yet available in fgsea)
  # which allows the plot to be rendered later
  gseaPlot <- plotGseaTable(examplePathways[topPathways], exampleRanks, gseaResult, render = FALSE)
  ...
}

server <- function(input, output, session) {
  theAnalysis <- runAnalysis()
  output$gseaEnrichment <- renderPlot({
    theAnalysis$gseaEnrichment
  })
  output$gseaPlot <- renderPlot({
    grid.draw(theAnalysis$gseaPlot)
  })
}

库（网格）
...
运行分析
library(dplyr)
library(fgsea)
library(ggplot2)
gseaResult <- fgsea(pathways = examplePathways, stats = exampleRanks, nperm = 10)
topPathways <- gseaResult[NES > 0][head(order(desc(NES)), n = 10), pathway]
gseaPlot <- plotGseaTable(examplePathways[topPathways], exampleRanks, gseaResult)

library(grid)

...

runAnalysis <- function() {
  ...
  # The render = FALSE here (not yet available in fgsea)
  # which allows the plot to be rendered later
  gseaPlot <- plotGseaTable(examplePathways[topPathways], exampleRanks, gseaResult, render = FALSE)
  ...
}

server <- function(input, output, session) {
  theAnalysis <- runAnalysis()
  output$gseaEnrichment <- renderPlot({
    theAnalysis$gseaEnrichment
  })
  output$gseaPlot <- renderPlot({
    grid.draw(theAnalysis$gseaPlot)
  })
}