R 正在使用哪个plot（）？

在R中，您经常会看到

plot（）

与不同类型的数据一起使用，默认结果也非常不同

plot（）

识别给定的对象，并根据该对象使用适当的函数

在下面的示例中，

plot（）

实际上指的是

ape:：plot.phylo（）

库（ape）
正如其他人提到的，这与S3方法调度有关。您可以使用
class
功能检查对象的类别。在本例中，它返回
phylo

许多泛型函数都有许多方法。您可以使用
方法（“绘图”）
检查所有方法

绘图
功能的源代码为

function (x, y, ...) 
UseMethod("plot")

而
UseMethod
函数将搜索给定泛型函数的可用方法。如果它能找到方法，在本例中，它将执行该方法，否则将使用下一个方法或默认方法

因此，重申一下，
plot
使用的方法完全取决于对象的类别，而不是对象是数据帧、向量、列表等。
类可以方便地保证函数以预期的方式运行

为了真正说明问题，您也可以定义自己的绘图方法。以此为例:

plot.foo <- function(x){
      str(x)
      plot(iris)
}

obj1 <- 1:3
class(obj1) <- "foo"
obj2 <- list(x = 2, y = 1:100)
class(obj2) <- "foo"

#No matter the object we pass, so long as the class if "foo",
# our custom plot method is called

plot(obj1)
#Class 'foo'  int [1:3] 1 2 3
plot(obj2)
#List of 2
 #$ x: num 2
 #$ y: int [1:100] 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 ...
 # - attr(*, "class")= chr "foo"

plot.foo
plot（）
是一个通用函数。
ape
包中有一个plot函数的方法，即
plot.phylo
。将包加载到R会话中时，每个泛型函数的任何方法都会缓存在您的环境中

m <- methods("plot")     
print(attr(m, "info"))  

如果尝试
methods（plot）
，您将看到环境中可用的所有
plot（）
方法。这里有两条漂亮的线，用于查看环境中每个绘图方法的信息

m <- methods("plot")     
print(attr(m, "info"))  

如果给定对象没有方法所需的class属性，它将尝试函数的其他方法，最后尝试默认方法，在本例中为
plot。默认值
您可以检查用于CMO组合和函数的方法，G.Grothendieck实际上为此编写了一个很好的函数：
findMethod（plot，tree.owls）
在您的案例中。@jay.sf尝试给出以下错误：getGeneric（f，where=where）中的错误：参数“f”必须是字符串、泛型函数或基元：获取普通function@JordanHackett该消息似乎来自
methods:：findMethod
。您应该使用链接答案中的函数覆盖该函数，或者使用新名称从该答案创建函数。这对我来说很有效，返回
[1]“plot.phylo”
@jordanhakett如果您提供一个最小的、自包含的、可复制的代码，我们可以更好地检查您的问题，请检查：@jay.sf谢谢。这在对象是S3的情况下非常有效。当对象是S4时似乎不起作用？例如：
库（MSnbase）；数据（itraqdata）；绘图（itraqdata[[1]]）；findMethod（plot，itraqdata[[1]]）
告诉我它正在运行
plot.default
，我怀疑它是否正确？