R、 fftw,包括灾难
我正在尝试安装包R、 fftw,包括灾难,r,fftw,R,Fftw,我正在尝试安装包Rcartogram,它取决于fftw。我在Ubuntu上安装fftw没有问题,多亏了这个问题/答案: 运行良好,我有所有必需的LIB,包括: root@DUS-WKS-B2011:~# ls /usr/include/fftw* /usr/include/fftw3.f /usr/include/fftw3.h /usr/include/fftw3q.f03 /usr/include/fftw3.f03 /usr/include/fftw3l.f03 图书馆:
Rcartogram
,它取决于fftw。我在Ubuntu上安装fftw没有问题,多亏了这个问题/答案:
运行良好,我有所有必需的LIB,包括:
root@DUS-WKS-B2011:~# ls /usr/include/fftw*
/usr/include/fftw3.f /usr/include/fftw3.h /usr/include/fftw3q.f03
/usr/include/fftw3.f03 /usr/include/fftw3l.f03
图书馆:
root@DUS-WKS-B2011:~# ls /usr/lib/x86_64-linux-gnu/*fftw*
/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libfftw3.a /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libfftw3l_threads.so.3.4.4
/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libfftw3f.a /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libfftw3_omp.a
/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libfftw3f_omp.a /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libfftw3_omp.so
/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libfftw3f_omp.so /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libfftw3_omp.so.3
/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libfftw3f_omp.so.3 /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libfftw3_omp.so.3.4.4
/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libfftw3f_omp.so.3.4.4 /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libfftw3q.a
/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libfftw3f.so /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libfftw3q_omp.a
/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libfftw3f.so.3 /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libfftw3q_omp.so
/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libfftw3f.so.3.4.4 /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libfftw3q_omp.so.3
/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libfftw3f_threads.a /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libfftw3q_omp.so.3.4.4
/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libfftw3f_threads.so /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libfftw3q.so
/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libfftw3f_threads.so.3 /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libfftw3q.so.3
/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libfftw3f_threads.so.3.4.4 /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libfftw3q.so.3.4.4
/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libfftw3l.a /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libfftw3q_threads.a
/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libfftw3l_omp.a /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libfftw3q_threads.so
/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libfftw3l_omp.so /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libfftw3q_threads.so.3
/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libfftw3l_omp.so.3 /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libfftw3q_threads.so.3.4.4
/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libfftw3l_omp.so.3.4.4 /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libfftw3.so
/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libfftw3l.so /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libfftw3.so.3
/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libfftw3l.so.3 /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libfftw3.so.3.4.4
/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libfftw3l.so.3.4.4 /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libfftw3_threads.a
/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libfftw3l_threads.a /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libfftw3_threads.so
/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libfftw3l_threads.so /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libfftw3_threads.so.3
/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libfftw3l_threads.so.3 /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libfftw3_threads.so.3.4.4
当我想安装Rcartogram时,问题就开始了。原始站点已关闭,但幸运的是,他们已将所有代码移到github:。我想,安装起来更容易!不幸的是
install_github("omegahat/Rcartogram")
给出以下错误:
> install_github("omegahat/Rcartogram")
Downloading GitHub repo omegahat/Rcartogram@master
from URL https://api.github.com/repos/omegahat/Rcartogram/zipball/master
Installing Rcartogram
'/usr/lib/R/bin/R' --no-site-file --no-environ --no-save --no-restore CMD \
INSTALL '/tmp/Rtmp3BpPB1/devtools5fd876a8a4b4/omegahat-Rcartogram-715cb93' \
--library='/usr/local/lib/R/site-library' --install-tests
* installing *source* package ‘Rcartogram’ ...
checking for pkg-config... /usr/bin/pkg-config
Looking for fftw3 files in /usr/local
Cannot find fftw.h
ERROR: configuration failed for package ‘Rcartogram’
* removing ‘/usr/local/lib/R/site-library/Rcartogram’
Error: Command failed (1)
错误消息很清楚,它正在/usr/local
中查找包含项,但它们在/usr/include
中。如何让R在/usr/include
中搜索它们?我需要类似于-I/usr/include
的东西,但是
install_github("omegahat/Rcartogram", args = c('--configure-vars="-I/usr/include"'))
或者类似的尝试都不起作用
我正在运行Ubuntu 14.10,64位 试试看
install\u github(“omegahat/Rcartogram”,args=c('--configure vars=“--with-fftw3=/usr”)
从年起
,
而且
试一试
install\u github(“omegahat/Rcartogram”,args=c('--configure vars=“--with-fftw3=/usr”)
从年起
,
而且
我建议将目录
/usr/include
包含在LD\u LIBRARY\u路径中。或者,可以在/usr/local/
中放置指向/usr/include
的符号链接。后者需要sudo权限。是的,我可以软链接文件,但我正在寻找“正确”的方式将标志传递给install.packages()。我建议将目录/usr/include
包含在LD\u LIBRARY\u路径中。或者,可以在/usr/local/
中放置指向/usr/include
的符号链接。后者需要sudo权限。是的,我可以软链接文件,但我正在寻找“正确”的方式将标志传递给install.packages()。保持清洁:)
install_github("omegahat/Rcartogram", args = c('--configure-vars="-I/usr/include"'))
if test -r $FFTW3_DIR/include/fftw3.h ; then
PKG_CPPFLAGS="-I$FFTW3_DIR/include/"
...
fi;
# Check whether --with-fftw3 or --without-fftw3 was given.
if test "${with_fftw3+set}" = set; then
withval="$with_fftw3"
FFTW3_DIR="$withval"
fi;