R 替换多个值

我想替换数据帧中的多个值。Dataframe引用

lookup

表（data.frame）并相应地替换值（参见

lookup

df中的

old_val

和

new_val

列）。下面的代码可以正常工作。它在返回NA的查找表中找不到匹配项时遇到的唯一问题。我希望在数据帧中保留原始值

   library(dplyr)
   foo <- data.frame(snp1 = c("AA", "AG", "AA", "AA"), 
                      snp2 = c("AA", "AT", "AG", "AA"), 
                      snp3 = c(NA, "GG", "GG", "GC"), stringsAsFactors=FALSE)
    
    lookup <- data.frame(old_val = c("AA", "AC", "AG"), 
                         new_val = c("0101", "0102", "0103"))
    
    foo2 <- foo %>% dplyr::select("snp1","snp2")
    foo2[] <- lookup$new_val[match(unlist(foo2), lookup$old_val)]
    output <- cbind(foo2, foo[!colnames(foo) %in% colnames(foo2)]) %>% 
      select(colnames(foo))

库（dplyr）
foo我们使用
碎片整理从“lookup”创建一个命名向量，在“foo”的列之间循环
，使用命名向量匹配并替换列值，然后如果与查找向量不匹配，则使用原始列合并
，返回原始值

library(dplyr)
library(tibble)
foo %>% 
     mutate(across(everything(), ~ coalesce(deframe(lookup)[.], .)))

-输出

#   snp1 snp2 snp3
#1 0101 0101 <NA>
#2 0103   AT   GG
#3 0101 0103   GG
#4 0101 0101   GC

#snp1 snp2 snp3
#1 0101 0101 
#2 0103在GG
#3010103 GG
#4 0101 0101 GC
这里有一个基本的R方法：

foo2 <- foo
foo2[] <- lookup$new_val[match(unlist(foo2), lookup$old_val)]
foo2[is.na(foo2)] <- foo[is.na(foo2)]
foo2

#  snp1 snp2 snp3
#1 0101 0101 <NA>
#2 0103   AT   GG
#3 0101 0103   GG
#4 0101 0101   GC

foo2