tryCatch中的错误

tryCatch中的错误,r,R,我有一个代码,其中使用for循环读取和分析文件列表。由于我必须分析几个文件,所以我想使用tryCatch打印出现问题的文件名。我的文件存在的一个常见问题是列名有误,我的意思是,它可能在文件中: ID; close; description 1;20-12-2017;0.5;"description1" 而不是 ID; date; close; description 1;20-12-2017;0.5;"description1" 这显然会引起错误,因为列名的数量与列的数量不匹配 为了检测此错

我有一个代码,其中使用for循环读取和分析文件列表。由于我必须分析几个文件,所以我想使用tryCatch打印出现问题的文件名。我的文件存在的一个常见问题是列名有误,我的意思是,它可能在文件中:

ID; close; description
1;20-12-2017;0.5;"description1"
而不是

ID; date; close; description
1;20-12-2017;0.5;"description1"
这显然会引起错误,因为列名的数量与列的数量不匹配

为了检测此错误,我将执行以下代码:

  for (i in 1:length(files)){
    tryCatch({
    name<-as.character(files[i])
    dat<-read.table(name,header = T,sep="@",dec=",",comment.char = "")
    },
    error<-function(e){
    print("error in file",files[i])
    })
不是tryCatch解决方案。循环遍历文件名,检查它是否存在,然后检查dataframe是否具有正确的名称。类似于此(未经测试):

myList由于
error
tryCatch
的参数拼写错误,您收到了“错误的处理程序规范”错误。只有
=
可用于指定参数名称,例如

tryCatch(停止(“否”),错误=功能(e)cat(“错误:”,e$消息“\n”))


这也是错误没有被捕获的原因。请注意,按名称指定参数与赋值(创建绑定)不同。在后者中,您可以使用
,问题是读取文件时可能会出现不同的错误,不仅仅是列名和编号,这是一个示例错误
3.stop("bad handler specification") 
2.tryCatch({
    name <- as.character(files[i])
    dat <- read.table(name, header = T, sep = "@", dec = ",", 
        comment.char = "") ... 
1.data_function(files) 
  for (j in 1:length(files)){

    name<-as.character(files[j])

    possibleError<-tryCatch({
        dat<-read.table(name,header = T,sep="@",dec=",",comment.char = "")
    },
    warning = function(w) {
        print(paste("Warning:", w, "in file:", name))
    },
    error<-function(e){
        print(paste("Error:", e, "in file:",name))
    },
    finally = {
        print(paste("End proc. :", name))
    }
    )


    if(!inherits(possibleError, "error")) {

        # do things
    }
    else{next}
}
[1] "End proc. : C:\\TimeSeries_RiskFactors\\20171119\\C0.GBMRISK.1100000156062.txt"
[1] "End proc. : C:\\TimeSeries_RiskFactors\\20171119\\C0.GBMRISK.1100000156063.txt"
[1] "End proc. : C:\\TimeSeries_RiskFactors\\20171220\\C0.GBMRISK.1100000156064.txt"
 Show Traceback

 Rerun with Debug
 Error in read.table(name, header = T, sep = "@", dec = ",", comment.char = "") : 
  duplicate 'row.names' are not allowed  

[1]"End proc. : C:\\TimeSeries_RiskFactors\\20171220\\C0.GBMRISK.1100000156065.txt"
myList <- lapply(myFiles, function(i){
  if(file.exists(i)){
    res <- paste(i, "File doesn't exist.")
  } else {
    res <- read.table(i)
    if(!identical(colnames(res), c("ID", "date", "close", "description")){
      res <- paste(i, "File wrong columns")
    }
  }
  #return
  res
}))
# my dataframes with correct column names
myListDF <- myList[ sapply(myList, is.data.frame) ]

# failed files
myListErrors <- myList[ !sapply(myList, is.data.frame) ]