R 列表中矩阵的每n行求和
我试图创建一个矩阵,其中每一行由另一个矩阵中每三行的总和组成。实际上,在一个列表中有一堆矩阵,我对列表中的每个元素执行相同的操作。基于此,我能够生成下面的代码。这是可行的,但对于我更复杂的数据集来说,这需要永远的时间R 列表中矩阵的每n行求和,r,matrix,R,Matrix,我试图创建一个矩阵,其中每一行由另一个矩阵中每三行的总和组成。实际上,在一个列表中有一堆矩阵,我对列表中的每个元素执行相同的操作。基于此,我能够生成下面的代码。这是可行的,但对于我更复杂的数据集来说,这需要永远的时间 test<-lapply(1:1000, function(x) matrix(1:300, nrow=60)) testCons<-lapply(test, function(x) apply(x, 2, function(y) tapply(y, ceiling(s
test<-lapply(1:1000, function(x) matrix(1:300, nrow=60))
testCons<-lapply(test, function(x) apply(x, 2, function(y) tapply(y, ceiling(seq_along(y)/3), sum)))
testrowsum
提供了一种简单的加速方法-它根据分组变量计算行的总和,分组变量是每三行的索引
test <- lapply(1:1000, function(x) matrix(1:300, nrow=60))
system.time(
testCons <- lapply(test, function(x) apply(x, 2, function(y) tapply(y, ceiling(seq_along(y)/3), sum)))
)
# user system elapsed
# 1.672 0.004 1.678
system.time(
testCons2 <- lapply(test, function(x) rowsum(x, rep(seq_len(nrow(x) / 3), each=3)))
)
# user system elapsed
# 0.08 0.00 0.08
all.equal(testCons, testCons2)
#[1] TRUE
testrowsum
提供了一种简单的加速方法-它根据分组变量计算行的总和,分组变量是每三行的索引
test <- lapply(1:1000, function(x) matrix(1:300, nrow=60))
system.time(
testCons <- lapply(test, function(x) apply(x, 2, function(y) tapply(y, ceiling(seq_along(y)/3), sum)))
)
# user system elapsed
# 1.672 0.004 1.678
system.time(
testCons2 <- lapply(test, function(x) rowsum(x, rep(seq_len(nrow(x) / 3), each=3)))
)
# user system elapsed
# 0.08 0.00 0.08
all.equal(testCons, testCons2)
#[1] TRUE
测试