在R中绘制数据帧中组的平均值
我在不同的时间点对每个样本(样本)进行了三份(样本)的研究。 现在,我想画出特征“有氧”的三倍体的平均值。 例如,我想画出需氧细菌数量随时间的发展。因此,我需要计算三重数据的平均值(和标准偏差),然后将这些平均值绘制在图表中。在这里,我可以想象使用geom_线或geom_点图在R中绘制数据帧中组的平均值,r,plot,group-by,mean,R,Plot,Group By,Mean,我在不同的时间点对每个样本(样本)进行了三份(样本)的研究。 现在,我想画出特征“有氧”的三倍体的平均值。 例如,我想画出需氧细菌数量随时间的发展。因此,我需要计算三重数据的平均值(和标准偏差),然后将这些平均值绘制在图表中。在这里,我可以想象使用geom_线或geom_点图 SampleID Sample Aerobic Anaerobic Day [Factor] [Factor] [num] [num] [num] 1 V1.1.K1 V1
SampleID Sample Aerobic Anaerobic Day
[Factor] [Factor] [num] [num] [num]
1 V1.1.K1 V1.1.K 0.610063430 0.05146154 1
2 V1.1.K2 V1.1.K 0.740887757 0.02115290 1
3 V1.1.K3 V1.1.K 0.683726217 0.04270182 1
4 V1.1.N1 V1.1.N 0.432019752 0.35722350 1
5 V1.1.N2 V1.1.N 0.515792694 0.41357935 1
6 V1.14.K16 V1.14.K 0.038141335 0.84496088 14
7 V1.14.K17 V1.14.K 0.042078682 0.76523093 14
8 V1.14.K18 V1.14.K 0.009594763 0.90767637 14
9 V1.14.N0 V1.14.N 0.513100502 0.10618731 14
10 V1.14.W16 V1.14.W 0.483710571 0.32765968 14
我该怎么做?
我用下面的代码进行了尝试
plot <- mydata %>%
group_by(Sample) %>%
mutate(Mean=mean(Aerobic)) %>%
ggplot(aes(x=Day, y=Aerobic)) +
geom_point()
你会帮我很多:)计算平均值的简单base-R解决方案:
tapply(X = foo$Aerobic, INDEX = foo$Sample, FUN = mean)
(“foo”是您的data.frame的名称)您能进一步澄清一下吗?在您的示例中,您有
mean(SampleID)
-您是否希望每个样本的需氧量的平均值,比如mean(需氧量)
?如果您这样做,在您的groupby
语句之后,它将计算每个“样本”的平均需氧量
。另外,请描述你希望在绘图中看到的内容,类型(条、线),包括轴(例如“平均需氧量”与“样本”)。嘿,本,我编辑了我的文章。我希望现在更清楚了。
tapply(X = foo$Aerobic, INDEX = foo$Sample, FUN = mean)