R 在DESeq2 PCA上为不同的几何点形状添加黑色轮廓

我正在使用DESeq2软件包运行PCA，并希望在已经基于观察的形状上获得黑色轮廓。圆形可以工作，但其他形状不能

例如 或者将数据打印为一个唯一的形状

很难给出一个可重复的示例，因为它以前在一个大数据集上执行过PCA，但我已经运行了以下内容：

ggplot(pcaData, aes(x = PC1, y = PC2, color = dFe, shape = location))+   
geom_point(size=5)+  
geom_point(aes(PC1, PC2, color = dFe, shape = location), shape= 21, colour="black", size= 5)

我相信关键在于编码新的

geom_point

运行

scale\u fill\u manual，我得到以下结果

ggplot(pcaData, aes(x = PC1, y = PC2, color = dFe, shape = location))+   
geom_point(size=5)+  scale_shape_manual(values=c(21,22,23))

试试这个：

ggplot(pcaData, aes(x = PC1, y = PC2, shape = location))+   
  geom_point(size=7) + 
  geom_point(aes(x = PC1, y = PC2, color = dFe, shape = location), size=5)

如我在评论中所述，使用
比例\形状\手册
，并提供
填充
美观：

ggplot(pcaData, aes(x = PC1, y = PC2, fill = dFe, shape = location)) +
    geom_point(color = 'black', size = 5) +
    scale_shape_manual(values = c(21L, 22L, 23L))

想一想，你是否尝试过用较大尺寸的黑色绘制几何点，然后用较小尺寸的颜色再次绘制几何点？我编辑了图像，因此黑色轮廓的大小相同，与圆形一致，但与三角形和正方形不一致，这有意义吗？
shape=21
凌驾于形状美学之上。移除它。使用
scale\u shape\u手册
提供与位置匹配的空心（或带边框）形状。@KonradRudolph我编辑了这篇文章，轮廓改变了，但填充现在消失了…@Ecg所以提供一个。-看我的答案。谢谢，这是一个好的选择！但问题是当重叠数据点时，它们不能显示完整的轮廓。但是非常感谢！不客气@康拉德·鲁道夫的答案是最好的。