R 向ggplot2热图添加树状图

新的R用户在这里。 我正在尝试将树状图添加到我使用ggplot2创建的热图中。我该怎么做？我已将代码添加到下面的热图中

#Mtcars using ggplots and reshape2 
install.packages("ggplot2")
library(ggplot2)
intall.packages("reshape2")
library(reshape2)
data(mtcars)
Cars <- mtcars[c(1:7)] #subset to 6 genres

cor(Cars) # 6x6 cor matrix

#ggplot likes the data 'melted' one value per row
m <-melt(cor(Cars)) 
p <- ggplot(data=m, aes(x=Var1, y=Var2, fill=value)) + geom_tile()
p

#set up a coloring scheme using colorRampPalette
red=rgb(1,0,0); green=rgb(0,1,0); blue=rgb(0,0,1); black=rgb(0,0,0)
RtoBrange<-colorRampPalette(c(red, black ) )
BtoGrange<-colorRampPalette(c(black, green) ) 

p <- p + scale_fill_gradient2(low=RtoBrange(100), mid="black",           high=BtoGrange(100))
p

#使用GGPLOT和整形的Mtcars 2
安装程序包（“ggplot2”）
图书馆（GG2）
所有包装（“重塑2”）
图书馆（E2）
数据（mtcars）
汽车使用
gplots
软件包（）中的
heatmap.2
功能，它会自动将树状图添加到热图中。以您的例子：

install.packages("gplots")
library(gplots)

data(mtcars)
Cars <- mtcars[c(1:7)]

mycolors <- colorRampPalette(c("red", "black", "green"))
heatmap.2(cor(Cars), trace = "none", col = mycolors)

install.packages（“gplots”）
图书馆（gplots）
数据（mtcars）
汽车这有点棘手，因为不是所有的零件都准备好了，但我开始工作的目的就是要达到这一点。如果您对此感兴趣，以便使用plotly创建带有树状图的交互式热图，那么您应该查看

如果你对静态热图感兴趣，我相信现有的软件包已经做得很好了，所以重新发明这个轮子可能不值得。
但如果这仍然是您想要做的，那么以下是主要步骤：

生成树状图对象
在ggplot2中绘制树状图对象
按照树状图中的行（或列）顺序创建热图
合并对象
第1步可以使用
hclust
和
as.dendrogram
，第2步需要dendextend的
[as.ggdend][2]
函数。第3步可以使用heatmaply:：heatmapr+heatmaply:：：ggplot\u heatmap（它目前是隐藏的，但将来会为这种类型的东西而暴露）。第4步很棘手，我无法让它工作“足够好”，因为元素的比例不好

我将其包装到一个新的ggheatmap函数中，并将其上载到。但这需要更多的工作，因此我愿意拉取请求。同时，以下是如何做到这一点：

devtools::install_github("ropensci/plotly") # you will probably benefit from the latest version of plotly
devtools::install_github('talgalili/heatmaply')

library(heatmaply)
x <- heatmapr(iris[,-5], scale = "column", colors = "Blues")
ggheatmap(x)

devtools:：install_github（“ropensci/plotly”）#您可能会受益于plotly的最新版本
devtools:：安装\u github（'talgalili/heatmaply'））
图书馆（热图）
x或尝试
heatmap3
功能：

library(heatmap3)
Cars <- mtcars[c(1:7)]
heatmap3(cor(Cars), scale = "none", sym = T)

库（热图3）
汽车也许
ggdendro
软件包能帮你做到这一点？有一个很好的例子，使用
ggdendro
和
plotly
@MattSandgren，我鼓励你看看dendextend。它有一个叉子，用于创建带有ggplot2的树状图，保存树的颜色和线宽等图形参数。请参阅此处：heatmap3很棒-但它不是基于GGPLOT2是的，你绝对正确。也许他不想重新发明轮子。否则你的方法似乎是a解决方案。同意。：（我也更愿意使用现有的解决方案之一）
ggheatmap
不再在
heatmaply
中，对吗？它在版本
0.8.3
中，但不在当前的
0.11.1
Hi@deeens中。这是正确的。ggheatmap函数被删除，因为它没有足够的抛光。但是，您可以使用“文件”将heatmaply交互输出保存到静态文件中“争论。我还添加了一个问题，可能会在将来添加热图。。。