R蛋白质组学：输入文件的问题；“表达式集”：处理信息：msmsTest包更新问题:_R_Bioinformatics_Bioconductor_Genome_Protein Database

R蛋白质组学：输入文件的问题；“表达式集”：处理信息：msmsTest包更新问题:

R蛋白质组学：输入文件的问题；“表达式集”：处理信息：msmsTest包更新问题:,r,bioinformatics,bioconductor,genome,protein-database,R,Bioinformatics,Bioconductor,Genome,Protein Database,我想使用msmsTest包统计我的蛋白质组学数据（光谱计数类型）但是，使用以下命令导入文件时出现消息错误： e <- pp.msms.data(myStackoverflowexample) Error in MSnbase:::logging(msnset, "Applied pp.msms.data preprocessing") : no slot of name "processingData" for this object of

我想使用msmsTest包统计我的蛋白质组学数据（光谱计数类型）

但是，使用以下命令导入文件时出现消息错误：

e <- pp.msms.data(myStackoverflowexample)
Error in MSnbase:::logging(msnset, "Applied pp.msms.data preprocessing") : 
  no slot of name "processingData" for this object of class "ExpressionSet".

有没有关于这个问题的线索，并最终能够通过统计分析处理我的文件

非常感谢你的帮助

初始（以及之前的）问题：我想试试msmsTest软件包

但是，当我使用示例数据集尝试手册中的代码时，出现以下错误消息：

b<-read.delim("example.data.set.txt")

head(b)

 name condition tissue    LogFC
1         kjhss1   control  brain 7.129283
2          sdth2   control  brain 7.179909
3     sgdhstjh20   control  brain 9.353147
4 jdygfjgdkydg21   control  brain 6.459432
5  shfjdfyjydg22   control  brain 9.372865
6      jdyjkdg23   control  brain 9.541097

str(b)
'data.frame':   4461 obs. of  4 variables:
 $ name     : Factor w/ 1131 levels "dghwg1041","dghwg1086",..: 480 761 787      360 863 385 133 888 563 738 ...
 $ condition: Factor w/ 5 levels "control","treatmentA",..: 1 1 1 1 1 1 1 1 1     1 ...
 $ tissue   : Factor w/ 2 levels "brain","heart": 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 ...
 $ LogFC    : num  7.13 7.18 9.35 6.46 9.37 ...

e <- pp.msms.data(b)

Error in (function (classes, fdef, mtable)  : 
  unable to find an inherited method for function ‘exprs’ for signature     ‘"data.frame"’

b查看msmsTests
，以及pp.msms.data
函数，该函数只接受以下参数：
msnset:表达式矩阵中带有光谱计数的msnset

vignette的第2节（LC-MS/MS数据集示例）向您展示了一个示例。您必须将数据放入pp.msms.data
接受的类中——这既不是简单的数据帧，也不是矩阵
这个
MSnSet
对象中包含光谱计数（SpC）矩阵
化验数据
插槽，以及
物候数据
狭槽（另请参见表达式集。）
vignette的vignette（“ExpressionSetIntroduction”，package=“Biobase”）[10]）
查看msmsTests
和pp.msms.data
函数，该函数只接受以下参数：
msnset:表达式矩阵中带有光谱计数的msnset

vignette的第2节（LC-MS/MS数据集示例）向您展示了一个示例。您必须将数据放入pp.msms.data
接受的类中——这既不是简单的数据帧，也不是矩阵
这个
MSnSet
对象中包含光谱计数（SpC）矩阵
化验数据
插槽，以及
物候数据
狭槽（另请参见表达式集。）
vignette的vignette（“ExpressionSetIntroduction”，package=“Biobase”）[10]）
您想要遵循的脚本是什么？它是msmsTest packageno one手册中的脚本？没有线索？你想遵循什么脚本？这是msmsTest packageno one手册中的脚本？没有线索？谢谢，我正在尝试了解如何将我的excel/text文件转换为此软件包的可接受格式。谢谢，我正在尝试了解如何将我的excel/text文件转换为此软件包的可接受格式。
e <- pp.msms.data(myStackoverflowexample)
Error in MSnbase:::logging(msnset, "Applied pp.msms.data preprocessing") : 
  no slot of name "processingData" for this object of class "ExpressionSet"

data(msms.dataset) # example given in the manual
msms.dataset

MSnSet (storageMode: lockedEnvironment)
assayData: 697 features, 14 samples 
  element names: exprs 
protocolData: none
phenoData
  sampleNames: U2.2502.1 U2.2502.2 ... U6.0302.3 (14 total)
  varLabels: treat batch
  varMetadata: labelDescription
featureData: none
experimentData: use 'experimentData(object)'
  pubMedIds: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/22588121 
Annotation:  
- - - **Processing information** - - -
 MSnbase version: 1.8.0 

b<-read.delim("example.data.set.txt")

head(b)

 name condition tissue    LogFC
1         kjhss1   control  brain 7.129283
2          sdth2   control  brain 7.179909
3     sgdhstjh20   control  brain 9.353147
4 jdygfjgdkydg21   control  brain 6.459432
5  shfjdfyjydg22   control  brain 9.372865
6      jdyjkdg23   control  brain 9.541097

str(b)
'data.frame':   4461 obs. of  4 variables:
 $ name     : Factor w/ 1131 levels "dghwg1041","dghwg1086",..: 480 761 787      360 863 385 133 888 563 738 ...
 $ condition: Factor w/ 5 levels "control","treatmentA",..: 1 1 1 1 1 1 1 1 1     1 ...
 $ tissue   : Factor w/ 2 levels "brain","heart": 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 ...
 $ LogFC    : num  7.13 7.18 9.35 6.46 9.37 ...

e <- pp.msms.data(b)

Error in (function (classes, fdef, mtable)  : 
  unable to find an inherited method for function ‘exprs’ for signature     ‘"data.frame"’