编制Rmd文件时如何申请提前退出？

假设您有一个R标记文档，该文档将无法干净地呈现

我知道您可以将

knitr

chunk选项

error

设置为

TRUE

以请求继续评估，即使存在错误。您可以通过

error=TRUE

对单个块执行此操作，或者通过

knitr:：opts\u chunk$set（error=TRUE）

以更全局的方式执行此操作

但有时也会出现一些错误，这些错误对编织过程来说仍然是致命的。我最近遇到了两个例子：尝试

unlink（）

当前工作目录（oops！）和在RStudio不可用时从内联R代码调用

rstudioapi:：getVersion（）

。这些类型的错误是否有一般性描述，即

error=TRUE

无法达到的错误？有没有一种方法可以容忍内联R代码中的错误而不是块中的错误

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另外，在这种情况下，是否有更多的官方方法可以提前停止编织或自动调试？

要提前退出编织过程，可以在源文档的任何位置（在代码块或内联表达式中）使用函数

knitr:：knit_exit（）

。调用

knit_exit（）

后，knitr将忽略文档的所有其余部分，并写出迄今为止收集到的结果

目前无法容忍内联R代码中的错误。您需要确保内联R代码始终无错误地运行1。如果确实发生错误，您应该从控制台中的knitr日志中看到产生错误的行的范围，格式为

从第x1-x2行退出（filename.Rmd）

。然后可以转到文件

filename.Rmd

，查看

x1

到

x2

之间的行有什么问题。使用chunk选项

error=FALSE

时，同样的情况也适用于代码块

除了上面提到的错误类型之外，找到问题的根源可能很困难。例如，当您无意中

unlink（）

当前目录时，它不应该停止编织过程，因为

unlink（）

仍然成功。编织过程结束后，您可能会遇到问题，例如LaTeX/HTML无法找到输出图形文件。在这种情况下，您可以尝试将

knit_exit（）

逐个应用于文档中的所有代码块。实现这一点的一种方法是设置块挂钩，在某个块之后运行

knit\u exit（）

。下面是使用线性搜索的示例（您可以改为使用二分法进行改进）：

#“逐块呈现输入文档，直到出现错误
#' 
#“@param输入输入文件名（本例中为Rmd文件）
#“@param编译一个函数来编译输入文件，例如knitr:：knit，或
#'rmarkdown:：render
knit_debug=函数（输入，编译=knitr:：knit）{
图书馆（knitr）
行=读取行（输入）
chunk=grep（所有模式$md$chunk.begin，行）#块头的行号
knit_hooks$set（调试=函数（之前）{
如果（！之前）{
chunk_currentIMHO，调试Rmd文档的困难是对出错的警告。我有一个经验法则：在Rmd之外进行繁重的工作。在Rmd内部进行渲染，并且只进行渲染。这使Rmd代码保持简单

我的大型R程序是这样的

data <- loadData()
analytics <- doAnalytics(data)
rmarkdown::render("theDoc.Rmd", envir=analytics)

数据很好的建议！我调试的文档需要使用
knitr:：opts\u knit$set（root.dir=…）
，这是我通常避免的，就像瘟疫一样，并解释了我是如何无意中尝试删除工作目录的。有时调试确实必须在R标记域中进行。@ptetor-这很有趣，我从来没有考虑过。你能提供一个示例.R和.Rmd文件来说明如何在一个真实的示例中进行调试吗（iris、mtcars、flights等等）？谢谢你的建议，Stephen！我创建了一个要点来说明这个想法：另一方面，如果所有内容都在.Rmd中，那么你有一个单独的文档来显示你的（例如）生成了科学论文，这对于可复制的研究很好。也许一个解决方案是将您的分析放入Rmd中的函数中，这样就可以在命令行上运行和调试它们。
data <- loadData()
analytics <- doAnalytics(data)
rmarkdown::render("theDoc.Rmd", envir=analytics)