从stringset创建并保存fasta文件
我有这个DNA字符串集，但我想创建一个包含此信息的新文件.fa。什么是保存这些数据的有效方法？我尝试使用write.fasta，但它崩溃了从stringset创建并保存fasta文件,r,bioinformatics,fasta,R,Bioinformatics,Fasta,我有这个DNA字符串集，但我想创建一个包含此信息的新文件.fa。什么是保存这些数据的有效方法？我尝试使用write.fasta，但它崩溃了 genes_seq <- A DNAStringSet instance of length 254667 width seq names [1] 2298 AT
genes_seq <-
A DNAStringSet instance of length 254667
width seq names
[1] 2298 ATGGTGTCGTCTCCTTTCTATGTGAACAAGTTCA...AAAAAAATCAAAAACAAATCAAAAATCAAAAAA 22
[2] 2600 CTGACATAGATAAGTTTAGAGTTACCTCCCCTGT...GATACATACACATATATATCCATGTAAGATAGA 22
[3] 1351 ACACATTTATATATATTTATAAATATCAATAAAT...CGCATGTGTGTGTATGAGAGAGAGAGAGAGAGC 22
[4] 3668 TTGTTGATCAGCAGTAATGGTAAGGAAGTTAGTA...CACGAAATCATTGGGTTATTTTTTATACCAGTA 22
[5] 762 ATGACCATCTTTGGGGCAGAATCCACTTTTCATC...TCATTGGTCAGTTTTATTAAAGGCAGCATTTAA 22
... ... ...
[2544] 558 CTAGATCCTTCTCCTGCTGTTATCAAAAGTAGAC...ACTGATGTAATACTGCAATTAAACATGATAGCA 22
[2545] 1319 TTGAAAATGAATTATAGAAATGTCTTTTTCACGA...ACTTGCACTAAAACATTTAGCAATTTGGTTAGC 22
[2546] 1365 GTATTTTGTTTCAAATGTACAAGCTTGGACAACA...GACTGCATGCATTTACATTTATGTAAATACAAA 22
[2547] 1970 CAGAATACCAGAAACAGCGAAGAATTTTTCACAT...GAAATATATATGTGTGTGTATATATAAATAAAT 22
[2548] 260 TTTATTTTTATTCAAAAGACATGGACATTAAAGG...TCTACAGCTTTGCATTATGCTGTGACGGGGTAA OCBIM_22024624mg
>
基因
#不可复制示例
图书馆（速读）
图书馆（生物串）
负责人（fasta）
#长度为6的DNAStringSet实例
#宽度顺序名称
#[1]1786 GGGGAGCCGCAGATTCGAAAAATCGTACGCTAAGGTTTCCGGGCATCCGTAAGGGCCGAAACTTCGCTCTTCCAGTCTCTCTCTCTCTCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCTCAGTTCGGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCTCAGTCAGTCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCG节点长度为108Ă。。。
#[2]590 GGTCAGCGATTTCCAGCGGTCGAGATCTCCAGCCAGCCAGCGGGAACCACACTGCCACCCGTCTCTCCGCCCCGCCGG…TGACGGGTCATACGGTAAGATAGATAGTGCGTCAGCGATCGATCGATCGGTATCCAGCTCCAGGTGCGCGCTCC节点_145_长度_5。。。
#[3]2618 CTCTCCCGCAGCAGCAGTTACCGGACAACCCCCGCGCGCGGGGGCCTCGGCCCCGGCTGGAATGCCTGCGGATTAC…GGACAGACCCTCAGCCATGTGGCCGGATACGTATCGCCCGCGCAGTATCGCCCCGGATATCGCCCCCCGGATCGCCGGATCGCCGGATAGGCTGATAC节点_96_长度(u 26)。。。
#[4]446 CTGCTGTGCTGTTGGTCCATCCATCCATCCGCCCAGCCAGCCAGCCAGCCAGCCAGTTCCACACATGCCCATCCATCCATCCAGAGGCGTGCATCCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCATCCATCCATCCATCCATCCA…AAATCCCCGTAAAGGCAGGCGTGCGCGCGCGCATCCATCCATCCATCCATCCATCCA…AAATCCCCCCCCGTAAAGGCGCGCGCGCGCATCCAGGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCATCCATCTCTCTC节点长度192。。。
#[5]235 CCCCTGCAGCGGTCATAAGCGGTGTGGCGGTTAATACAGGCCGGACTCCTCATACTGCTGCCCCCCGGCAGGGCGGATAGCTG…CAGCTGTTGCCCCTTCGCGTGCTGTAAGCGCGGCGCAGGCAGGCAGGCGCAGGCAGGCGCAGGCGCAGGCAGGCAGGCAGATGCGGATTTCGCCGGCGTG节点_556_长度_2。。。
#[6]650 CCCTGCCAGGGTACTGCAGTTGTGGCTCCAGGCATCAGGTTGCAGGGTTCCAGTGGCGCCAGCCAG…ACGATAAGGCATTTCACTGCCGAGGTACCAGTCTTCATCGCTGTCAGGTTCAGGTTCAGGTTAGTTAGTTAGTTAGTTAGTTAGTTAAGGCGCCGGCCTGAGGGGCG节点_137_长度?。。。
你试过什么？这不是一个别人为你工作的地方，我试着使用WriteXstringset、seqirn、Shortread和write.fasta函数。我的电脑在使用最后一台时崩溃了，我冒着失去所有工作的风险。我不希望有人为我工作，别担心；）
# Non reproducible example
library(ShortRead)
library(Biostrings)
head(fasta)
# A DNAStringSet instance of length 6
# width seq names
# [1] 1786 GGGGAGCCCGCAGAATTCGGAAAAAATCGTACGCTAAGGTTTTCCGGGCATCCGTAAGGGCCGAAACTTCCCGTCTTCCAGTCTGCG...GGTGCATCGGCCGGCACCTTGCGCAGGTTGTCGGCGTTCATCTCACGCAGGGTCTGCACGGCTGCCAGCACGCCTTGCGCGGCCGGC NODE_108_length_1...
# [2] 590 GGTCAGCCAGGATTTCACTTTCCAGCCGGTCGAGCATCTGCACCAGCACCGGCGGGAACACCACACTGCCACCGTCTTCGCCGCCGG...TGACGGTCATACCGGTAAAGATAGTGCGCGTCACGGGCGATACGGTTATCCGGCCACATGCTGAGGGTGCTGTCCGGGTGCAGCTCC NODE_145_length_5...
# [3] 2618 CTCTCCCGCACCTACAGCAGTTACCGGACAAAAACGCCCGCGCCGGTGGGGAGCCTCGGCCCCGGCTGGAAAATGCCTGCGGATATC...GGACAGCACCCTCAGCATGTGGCCGGATAACCGTATCGCCCGTGACGCGCACTATCTTTACCGGTATGACCGTCACGGCAGGCTGAC NODE_96_length_26...
# [4] 446 CTGCTGTGCTGTTTTGGTCCATCGGTGCCGCATACATGCCCGATACAGCCGCGGCACCCAGCCAGCCCACAGGGTTCCACCATGCCA...AAATCCCCGTAAAGGCAGATGCGTGCCATGCCCGGTGACGCCAGAGGGAGTGTGTGCGTCGCTGCCATTTGTCGGTGTACCTCTCTC NODE_192_length_4...
# [5] 235 CCCCTGCAGCGGGTCATAATAGCGGTGGCGGTTGTAATACAGGCCGGACTCCTCATCATACTGCTGCCCCGGCAGGCGGATAAGCTG...CACGCTGTTGCCCCTTCCGTGCTGATAAGCGCCAGCGGCAGGCCGCGATGGTCGCAGTGGTACAGGTGGATTTTTCGCGCCGGCGTG NODE_556_length_2...
# [6] 650 CCCTGCCAGGTGTACTGCAGTTGTGGCTCCAGCATCAGGTTGTCAGTGATACTGAAGGGCAGACCGGTTTCCAGTGAGCCCAGCCAG...ACGATAAGCATTTTCACTGCGCAGGTACCAGTCTTCATCGCTGTCACGGTTCAGGGTGTAGTTAAAGGCGCCGGCCTGAAGCGGGCG NODE_137_length_6...
fasta_dir <- file.path(getwd(), "refs")
outfile <- file.path(dirname(fasta_dir), "seq_fasta.fasta")
writeFasta(fasta, outfile, mode = "a")