从命令行运行R脚本

我有一个名为

a.r

的文件，它的

chmod

为755

sayHello <- function(){
   print('hello')
}

sayHello()

---

sayHello您需要使用
？Rscript
命令从终端运行R脚本

退房

范例

## example #! script for a Unix-alike

#! /path/to/Rscript --vanilla --default-packages=utils
args <- commandArgs(TRUE)
res <- try(install.packages(args))
if(inherits(res, "try-error")) q(status=1) else q()

###示例#！类似Unix的脚本
#! /path/to/Rscript--vanilla--default packages=utils
args如果要将输出打印到终端，最好使用Rscript

Rscript a.R

请注意，当使用
R CMD BATCH a.R
时，将创建一个名为.Rout的新文件，而不是将输出重定向到标准输出并在终端上显示

R CMD BATCH a.R
# Check the output
cat a.Rout

关于使用Rscript还有一点需要注意，默认情况下它不会加载
方法
包，这可能会导致混淆。因此，如果您依赖于方法提供的任何内容，您将希望在脚本中显式地加载它

如果您确实想使用调用脚本的
/a.R
方式，可以添加适当的
#到脚本的顶部

#!/usr/bin/env Rscript
sayHello <- function(){
   print('hello')
}

sayHello()

#/usr/bin/env Rscript
sayHello从命令行运行R脚本的另一种方法是：

R < scriptName.R --no-save  

R

或使用
--保存

另请参见。
这并不能直接回答问题。但是有人可能会在这里结束，因为他们想从终端运行一条R航线。例如，如果您只想安装一些丢失的软件包并退出，那么此oneliner非常方便。我经常使用它，当我突然发现我错过了一些软件包，我想把它们安装到我想要的地方


要安装到默认位置，请执行以下操作：

R -e 'install.packages(c("package1", "package2"))'


要安装到需要root权限的位置，请执行以下操作：

R -e 'install.packages(c("package1", "package2"), lib="/usr/local/lib/R/site-library")' 


如何通过多个命令使用knitr和rmarkdown运行Rmd in命令，然后将HTML文件上载到RPubs

下面是一个示例：加载两个库并运行R命令

R -e 'library("rmarkdown");library("knitr");rmarkdown::render("NormalDevconJuly.Rmd")'

R -e 'library("markdown");rpubsUpload("normalDev","NormalDevconJuly.html")'

对于*Unix系统使用Rscript的另一种方法是

仅为了编写文档，有时您需要以
sudo
的方式运行脚本：

sudo Rscript path/to/your/file.R

这只是一个如何编写/运行R脚本的示例，在文件中添加#/path/to/rscript，然后chmod+x和./不带#！命令行尝试将其作为命令行脚本运行，使用与解释命令相同的解释器。它不知道它应该是R，即使文件以.R或.R后缀结尾。这个#！告诉命令行文件中包含什么语言。多年来，我在这里发现了一些问题，并且能够引用littler和Rscript。主要的事情是告诉人们，就像你做的那样，
R CMD BATCH
很糟糕。任何东西，但…@Dason我也在使用R脚本，我试图从Java程序执行R脚本，我看到一些错误。这是我的名片。看看你能不能帮忙。我现在使用hello函数示例来简化它。有没有办法在命令本身中修改库路径？类似于
R CMD INSTALL-l~/R/lib dev
@mikemtnikes的东西我不知道。可以添加一些内容来更改脚本中的.libpath（）。但我看不到Rscript手册页中指出的任何选项；dr：只需添加脚本的第一行：
#/usr/bin/env Rscript
要运行命令，还可以在终端中使用
Rscript-e“getwd（）”
。Rscript只打印命令输出，不打印完整的R启动消息。如果安装了littler，还可以使用
R-e“cat（getwd（），'\n'）”
。在Dirk中，Eddelbuettel解释了littler和Rscript之间的区别。感谢您预见到我的问题！我还需要一件事：
R-e'install.packages（“package”，repos=”http://cran.us.r-project.org“
应该使用
R-R”选项（warn=2）；安装…'
以便在安装失败时停止执行并获取非零错误代码。否则，任何
install.packages
错误都只是警告。请注意，跳过加载库会更简单
R-e'markdown:：rpubsUpload（“normalDev”，“NormalDevconJuly.html”）”
什么时候需要这样做？使用sudo几乎从来都不是一个好主意，尤其是当你不知道为什么需要它时
Rscript <(sed s/hello/bye/ a.r)
# [1] "bye"

Rscript <(echo "head(iris,2)")
# Sepal.Length Sepal.Width Petal.Length Petal.Width Species
# 1          5.1         3.5          1.4         0.2  setosa
# 2          4.9         3.0          1.4         0.2  setosa

sudo Rscript path/to/your/file.R