几何图形栏：颜色渐变和交叉图案填充（使用gridSVG），透明度问题
使用awesome几何图形栏：颜色渐变和交叉图案填充（使用gridSVG），透明度问题,r,ggplot2,R,Ggplot2,使用awesomeggplot包，我想要一个条形图，其中fill美学被映射到一个连续变量，实际上是qvalues，在它上面是一个纹理，实际上是条纹和交叉图案填充 颜色渐变很重要，因为它代表意义，而纹理则显示类别“A”、“B”及其重叠。因此，对角线在一个方向，相反的方向和交叉图案填充分别。 我知道维恩图可以完成这项工作，但我们有35个样本，我想比较起来会更容易看到 填充很简单，但是纹理填充很复杂。因此，多亏了（参见和），我成功地获得了带有虚拟数据的输出： 问题在于十字架背景的透明度。如果可能的话
ggplotfill填充alphagrid.patternFill（）dfso <- structure(list(Sample = c("S1", "S2", "S1", "S2", "S1", "S2"),
qvalue = c(14.704287341, 8.1682824035, 13.5471896224, 6.71158432425,
12.3900919038, 5.254886245), type = structure(c(1L, 1L, 2L,
2L, 3L, 3L), .Label = c("A", "overlap", "B"), class = "factor"),
value = c(897L, 1082L, 503L, 219L, 388L, 165L)), class = c("tbl_df",
"tbl", "data.frame"), row.names = c(NA, -6L), .Names = c("Sample",
"qvalue", "type", "value"))
我在回答我自己的问题，因为有一种方法可以填充图案的特定颜色，多亏了这一点。 在第一个栏上，对于“A”类，它可以如下所示： 将
pat1pat1 <- pattern(gTree(children=gList(
rectGrob(gp=gpar(col=NA, fill=cols[4])),
linesGrob(gp=gpar(col="black", lwd = 5)))),
width = unit(5, "mm"), height = unit(5, "mm"),
dev.width = 1, dev.height = 1)
pat1这并不是一个真正的答案，但我将提供以下代码作为参考，供希望了解我们如何完成此任务的人参考。一个实时版本是。我几乎认为完全使用d3
或基于d3
library("ggplot2")
library("gridSVG")
library("gridExtra")
library("dplyr")
library("RColorBrewer")
dfso <- structure(list(Sample = c("S1", "S2", "S1", "S2", "S1", "S2"),
qvalue = c(14.704287341, 8.1682824035, 13.5471896224, 6.71158432425,
12.3900919038, 5.254886245), type = structure(c(1L, 1L, 2L,
2L, 3L, 3L), .Label = c("A", "overlap", "B"), class = "factor"),
value = c(897L, 1082L, 503L, 219L, 388L, 165L)), class = c("tbl_df",
"tbl", "data.frame"), row.names = c(NA, -6L), .Names = c("Sample",
"qvalue", "type", "value"))
cols <- brewer.pal(7,"YlOrRd")
pso <- ggplot(dfso)+
geom_bar(aes(x = Sample, y = value, fill = qvalue), width = .8, colour = "black", stat = "identity", position = "stack", alpha = 1)+
ylim(c(0,2000)) +
theme_classic(18)+
theme( panel.grid.major = element_line(colour = "grey80"),
panel.grid.major.x = element_blank(),
panel.grid.minor = element_blank(),
legend.key = element_blank(),
axis.text.x = element_text(angle = 90, vjust = 0.5))+
ylab("Count")+
scale_fill_gradientn("-log10(qvalue)", colours = cols, limits = c(0, 20))
# use svglite and htmltools
library(svglite)
library(htmltools)
# get the svg as tag
pso_svg <- htmlSVG(print(pso),height=10,width = 14)
browsable(
attachDependencies(
tagList(
pso_svg,
tags$script(
sprintf(
"
var data = %s
var svg = d3.select('svg');
svg.select('style').remove();
var bars = svg.selectAll('rect:not(:last-of-type):not(:first-of-type)')
.data(d3.merge(d3.values(d3.nest().key(function(d){return d.Sample}).map(data))))
bars.style('fill',function(d){
var t = textures
.lines()
.background(d3.rgb(d3.select(this).style('fill')).toString());
if(d.type === 'A') t.orientation('2/8');
if(d.type === 'overlap') t.orientation('2/8','6/8');
if(d.type === 'B') t.orientation('6/8');
svg.call(t);
return t.url();
});
"
,
jsonlite::toJSON(dfso)
)
)
),
list(
htmlDependency(
name = "d3",
version = "3.5",
src = c(href = "http://d3js.org"),
script = "d3.v3.min.js"
),
htmlDependency(
name = "textures",
version = "1.0.3",
src = c(href = "https://rawgit.com/riccardoscalco/textures/master/"),
script = "textures.min.js"
)
)
)
)
库（“ggplot2”）
库（“gridSVG”）
图书馆（“gridExtra”）
图书馆（“dplyr”）
图书馆（“RColorBrewer”）
dfso我不知道答案，但是如果我们从SVG的角度来看，我们可能会得到一些帮助。你看到了吗？今天我将试着玩一玩，看看我能发现什么。@timelyportfolio谢谢！我不知道。我绝对不想坚持使用gridSVG，不管怎样，这个项目似乎不太活跃。最好切换到另一种方法来应用纹理。您打算如何使用此方法？最终的输出是什么？实际上我们在这里发布它，一方面使用填充，另一方面使用illustrator中叠加的图案。很遗憾，但至少你能看出我们是多么想这么做。再次感谢您的帮助谢谢@timelyportfolio！它确实有效，我接受了答案，因为这是我们现在最好的答案svglite
+纹理
覆盖得很好。当然可以改进，但已经很好了。我想知道它的伸缩性有多好。此外，它假设数据保持其原始顺序。无论如何，它不会用于大量条，也不会可读。我之前的尝试也希望得到同样的订单。最好是使用ggplot
扩展，将纹理映射到变量，但这超出了我的技能范围。
pat1 <- pattern(gTree(children=gList(
rectGrob(gp=gpar(col=NA, fill=cols[4])),
linesGrob(gp=gpar(col="black", lwd = 5)))),
width = unit(5, "mm"), height = unit(5, "mm"),
dev.width = 1, dev.height = 1)
library("ggplot2")
library("gridSVG")
library("gridExtra")
library("dplyr")
library("RColorBrewer")
dfso <- structure(list(Sample = c("S1", "S2", "S1", "S2", "S1", "S2"),
qvalue = c(14.704287341, 8.1682824035, 13.5471896224, 6.71158432425,
12.3900919038, 5.254886245), type = structure(c(1L, 1L, 2L,
2L, 3L, 3L), .Label = c("A", "overlap", "B"), class = "factor"),
value = c(897L, 1082L, 503L, 219L, 388L, 165L)), class = c("tbl_df",
"tbl", "data.frame"), row.names = c(NA, -6L), .Names = c("Sample",
"qvalue", "type", "value"))
cols <- brewer.pal(7,"YlOrRd")
pso <- ggplot(dfso)+
geom_bar(aes(x = Sample, y = value, fill = qvalue), width = .8, colour = "black", stat = "identity", position = "stack", alpha = 1)+
ylim(c(0,2000)) +
theme_classic(18)+
theme( panel.grid.major = element_line(colour = "grey80"),
panel.grid.major.x = element_blank(),
panel.grid.minor = element_blank(),
legend.key = element_blank(),
axis.text.x = element_text(angle = 90, vjust = 0.5))+
ylab("Count")+
scale_fill_gradientn("-log10(qvalue)", colours = cols, limits = c(0, 20))
# use svglite and htmltools
library(svglite)
library(htmltools)
# get the svg as tag
pso_svg <- htmlSVG(print(pso),height=10,width = 14)
browsable(
attachDependencies(
tagList(
pso_svg,
tags$script(
sprintf(
"
var data = %s
var svg = d3.select('svg');
svg.select('style').remove();
var bars = svg.selectAll('rect:not(:last-of-type):not(:first-of-type)')
.data(d3.merge(d3.values(d3.nest().key(function(d){return d.Sample}).map(data))))
bars.style('fill',function(d){
var t = textures
.lines()
.background(d3.rgb(d3.select(this).style('fill')).toString());
if(d.type === 'A') t.orientation('2/8');
if(d.type === 'overlap') t.orientation('2/8','6/8');
if(d.type === 'B') t.orientation('6/8');
svg.call(t);
return t.url();
});
"
,
jsonlite::toJSON(dfso)
)
)
),
list(
htmlDependency(
name = "d3",
version = "3.5",
src = c(href = "http://d3js.org"),
script = "d3.v3.min.js"
),
htmlDependency(
name = "textures",
version = "1.0.3",
src = c(href = "https://rawgit.com/riccardoscalco/textures/master/"),
script = "textures.min.js"
)
)
)
)