什么';为数据帧自动生成roxygen2文档的最佳方法是什么?
在我的新CRAN包中,我有10个数据帧,在数据/文件夹中有10个左右的不同类型的列。类型有字符串、整型、浮点型、布尔型等 我需要为每个数据源添加roxygen2文档。是否有一种方法可以在给定data.frame时自动生成注释块 比如:makeDocs(游戏) 我担心如果我手工操作,可能会出错(约100列),或者如果名称发生变化,我会不断手工重新编辑内容 我找到了这个关于记录数据集的好答案什么';为数据帧自动生成roxygen2文档的最佳方法是什么?,r,roxygen2,R,Roxygen2,在我的新CRAN包中,我有10个数据帧,在数据/文件夹中有10个左右的不同类型的列。类型有字符串、整型、浮点型、布尔型等 我需要为每个数据源添加roxygen2文档。是否有一种方法可以在给定data.frame时自动生成注释块 比如:makeDocs(游戏) 我担心如果我手工操作,可能会出错(约100列),或者如果名称发生变化,我会不断手工重新编辑内容 我找到了这个关于记录数据集的好答案 。。。但这并不能解决我如何自动生成这些评论的问题。先从帧的名称列表开始,然后类似这样的内容就是一个快速破解
。。。但这并不能解决我如何自动生成这些评论的问题。先从帧的名称列表开始,然后类似这样的内容就是一个快速破解:
frames <- c("iris","mtcars")
unlist(sapply(frames, function(d) c(paste("#'", d), "#' @format data.frame",
gsub("^","#'",capture.output(str(get(d)))),
dQuote(d)),
simplify=FALSE), use.names=FALSE)
# [1] "#' iris"
# [2] "#' @format data.frame"
# [3] "#''data.frame':\t150 obs. of 5 variables:"
# [4] "#' $ Sepal.Length: num 5.1 4.9 4.7 4.6 5 5.4 4.6 5 4.4 4.9 ..."
# [5] "#' $ Sepal.Width : num 3.5 3 3.2 3.1 3.6 3.9 3.4 3.4 2.9 3.1 ..."
# [6] "#' $ Petal.Length: num 1.4 1.4 1.3 1.5 1.4 1.7 1.4 1.5 1.4 1.5 ..."
# [7] "#' $ Petal.Width : num 0.2 0.2 0.2 0.2 0.2 0.4 0.3 0.2 0.2 0.1 ..."
# [8] "#' $ Species : Factor w/ 3 levels \"setosa\",\"versicolor\",..: 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 ..."
# [9] "\"iris\""
# [10] "#' mtcars"
# [11] "#' @format data.frame"
# [12] "#''data.frame':\t32 obs. of 11 variables:"
# [13] "#' $ mpg : num 21 21 22.8 21.4 18.7 18.1 14.3 24.4 22.8 19.2 ..."
# [14] "#' $ cyl : num 6 6 4 6 8 6 8 4 4 6 ..."
# [15] "#' $ disp: num 160 160 108 258 360 ..."
# [16] "#' $ hp : num 110 110 93 110 175 105 245 62 95 123 ..."
# [17] "#' $ drat: num 3.9 3.9 3.85 3.08 3.15 2.76 3.21 3.69 3.92 3.92 ..."
# [18] "#' $ wt : num 2.62 2.88 2.32 3.21 3.44 ..."
# [19] "#' $ qsec: num 16.5 17 18.6 19.4 17 ..."
# [20] "#' $ vs : num 0 0 1 1 0 1 0 1 1 1 ..."
# [21] "#' $ am : num 1 1 1 0 0 0 0 0 0 0 ..."
# [22] "#' $ gear: num 4 4 4 3 3 3 3 4 4 4 ..."
# [23] "#' $ carb: num 4 4 1 1 2 1 4 2 2 4 ..."
# [24] "\"mtcars\""
frames我从上面的答案中提取了r2evans代码,并将其转换为一个函数
makeDoc = function (dataFrame, title = substitute(dataFrame)) {
output = c(paste("#'", title), "#' @format data.frame", gsub("^","#'",capture.output(str(dataFrame))), dQuote(title))
cat(output, sep="\n")
}
您很可能会发现sinew
R-package提供的函数很有用;参见R-bloggers在中发布的示例
以下示例适用于数据帧和函数,并为它们创建roxygen骨架。您自然需要手动修改某些字段,如大写字母所示:
> set.seed(1); dat <- data.frame(first = LETTERS[1:10], second = rnorm(10), third = 1:10)
> fun <- function(x, y) { x + y }
> sinew::makeOxygen(dat)
#' @title DATASET_TITLE
#' @description DATASET_DESCRIPTION
#' @format A data frame with 10 rows and 3 variables:
#' \describe{
#' \item{\code{first}}{character COLUMN_DESCRIPTION}
#' \item{\code{second}}{double COLUMN_DESCRIPTION}
#' \item{\code{third}}{integer COLUMN_DESCRIPTION}
#'}
#' @details DETAILS
"dat"
> sinew::makeOxygen(fun)
#' @title FUNCTION_TITLE
#' @description FUNCTION_DESCRIPTION
#' @param x PARAM_DESCRIPTION
#' @param y PARAM_DESCRIPTION
#' @return OUTPUT_DESCRIPTION
#' @details DETAILS
#' @examples
#' \dontrun{
#' if(interactive()){
#' #EXAMPLE1
#' }
#' }
#' @rdname fun
#' @export
设置种子(1);dat fun sinew::制造氧气(dat)
#“@title数据集\u title”
#“@description DATASET_description”
#“@格式化包含10行和3个变量的数据帧:
#“\描述{
#'\item{\code{first}}{character COLUMN\u DESCRIPTION}
#'\item{\code{second}}{double COLUMN_DESCRIPTION}
#'\item{\code{third}}{integer COLUMN_DESCRIPTION}
#'}
#“@详情
“dat”
>肌肉:制造氧气(乐趣)
#“@title函数”
#“@说明函数\u说明
#“@param x param_说明
#“@param y param_说明
#“@返回输出\u说明
#“@详情
#“@示例
#“\dontrun{
#'如果(交互式()){
#"例1
#' }
#' }
#“@rdname fun
#“@出口
如您所见,
sinew
生成的#
-行与生成roxygenized.Rd
文件兼容,这些行放置在.R
-文件的适当位置。请参阅软件包中可以将这些行自动放置到正确位置的其他函数。gsub(“^”、“#””、capture.output(str(iris[0,]))
可能是一个开始(或者不是[0,]
,显示一些示例数据,交给您),谢谢@r2evans!这很有效。我做了一些修改,我将在下面给出答案。
> set.seed(1); dat <- data.frame(first = LETTERS[1:10], second = rnorm(10), third = 1:10)
> fun <- function(x, y) { x + y }
> sinew::makeOxygen(dat)
#' @title DATASET_TITLE
#' @description DATASET_DESCRIPTION
#' @format A data frame with 10 rows and 3 variables:
#' \describe{
#' \item{\code{first}}{character COLUMN_DESCRIPTION}
#' \item{\code{second}}{double COLUMN_DESCRIPTION}
#' \item{\code{third}}{integer COLUMN_DESCRIPTION}
#'}
#' @details DETAILS
"dat"
> sinew::makeOxygen(fun)
#' @title FUNCTION_TITLE
#' @description FUNCTION_DESCRIPTION
#' @param x PARAM_DESCRIPTION
#' @param y PARAM_DESCRIPTION
#' @return OUTPUT_DESCRIPTION
#' @details DETAILS
#' @examples
#' \dontrun{
#' if(interactive()){
#' #EXAMPLE1
#' }
#' }
#' @rdname fun
#' @export