Code Ocean未安装特定版本的R软件包
我正在尝试在中设置环境。我需要安装Seurat版本3.2.0或3.2.3,这不是最新版本。CRAN安装程序(下图)可以安装最新版本的Seurat,它是4.0.1,没有问题。但是当我指定版本(3.2.3)时,它无法安装它 Seurat安装允许通过Code Ocean未安装特定版本的R软件包,r,devtools,cran,remotes,R,Devtools,Cran,Remotes,我正在尝试在中设置环境。我需要安装Seurat版本3.2.0或3.2.3,这不是最新版本。CRAN安装程序(下图)可以安装最新版本的Seurat,它是4.0.1,没有问题。但是当我指定版本(3.2.3)时,它无法安装它 Seurat安装允许通过 remotes::install_version("Seurat", version = "3.X.X") 我尝试使用Code Ocean postsInstall脚本,正如他们建议的那样,用于更具体的软件包安装
remotes::install_version("Seurat", version = "3.X.X")
我尝试使用Code Ocean postsInstall脚本,正如他们建议的那样,用于更具体的软件包安装,使用:
#!/usr/bin/env bash
set -ex
echo "options(repos ='https://cran.rstudio.com/', \
unzip = 'internal', \
download.file.method ='libcurl', \
Ncpus = parallel::detectCores() )" >> /etc/R/Rprofile.site
Rscript -e "Sys.setenv(TAR = '/bin/tar'); \
install.packages('remotes'); \
remotes::install_version('Seurat', version='3.2.0')"
我也试过devtools
#!/usr/bin/env bash
set -ex
echo "options(repos ='https://cran.rstudio.com/', \
unzip = 'internal', \
download.file.method ='libcurl', \
Ncpus = parallel::detectCores() )" >> /etc/R/Rprofile.site
Rscript -e "Sys.setenv(TAR = '/bin/tar'); \
install.packages('devtools'); \
devtools::install_version('Seurat', version='3.2.0')"
有一个巨大的日志文件。我认为所有的依赖项都安装好了。但这里是与修拉错误有关的最后几行