R ggplot2:不带填充的几何多边形

R ggplot2:不带填充的几何多边形,r,ggplot2,R,Ggplot2,我希望,这个问题不需要数据,因为我相信我只是犯了一个愚蠢的语法错误。以下代码: ggplot()+ geom_point(data=sites, aes(x=NMDS1, y=NMDS2, shape=group), colour="grey") + geom_point(data=species, aes(x=NMDS1, y=NMDS2, color=phyla), size=3, shape=20) + scale_colour_manual(values=Pal1) +

我希望,这个问题不需要数据,因为我相信我只是犯了一个愚蠢的语法错误。以下代码:

ggplot()+
  geom_point(data=sites, aes(x=NMDS1, y=NMDS2, shape=group), colour="grey") +  
  geom_point(data=species, aes(x=NMDS1, y=NMDS2, color=phyla), size=3, shape=20) + scale_colour_manual(values=Pal1) +
  geom_segment(data = BiPlotscores, aes(x = 0, xend = NMDS1, y= 0, yend = NMDS2),
               arrow = arrow(length = unit(0.25, "cm")), colour = "black") +
  geom_text(data = BiPlotscores, aes(x = 1.1*NMDS1, y = 1.1*NMDS2, label = Parameters), size = 3) + coord_fixed()+
  theme(panel.background = element_blank()) +
  geom_polygon(data = hulls, aes(x=NMDS1, y=NMDS2, colour=phyla, alpha = 0.2))
导致以下结果:

(这不是最终产品:))。 我希望多边形没有填充,或者只是整齐地填充。我当然不想让它们变成灰色。填充不起任何作用,显然,摆弄alpha也不会改变任何东西

任何想法都是非常受欢迎的。多谢各位

“外壳”来自以下代码(如此处某处所示):

#查找外壳
图书馆(plyr)

查找外壳如果您想要透明填充,请在
aes()
-规范之外执行
fill=NA

library(ggplot2)
data <- data.frame(y=c(2,2,1), x=c(1,2,1))
ggplot(data) + geom_polygon(aes(x=x, y=y), colour="black", fill=NA)
库(ggplot2)

数据这是一个老问题,但如果其他人遇到同样的问题:

下面是从矩阵到漂亮的nmds图的代码:

1) 创建虚拟矩阵

MAT <- matrix( sample( 1:200, 100), nrow = 10, 
           dimnames = list( LETTERS[ 1:10]))

不错!对于qplot()一个,还有其他方法可以这样做吗?还是仅ggplot()+几何图形?谢谢
MAT <- matrix( sample( 1:200, 100), nrow = 10, 
           dimnames = list( LETTERS[ 1:10]))
DIST <- dist(MAT)
fit <- monoMDS(DIST, k=2)
fitp <- data.frame(fit$points)
fitp$sample <- rownames(fitp)
fitp$group <- rep( c( "group1", "group2"), each=5)
find_hull <- function(df) df[chull(df$MDS1, df$MDS2), ]
hulls <- ddply(fitp, .(group), find_hull)
ggplot( fitp, aes( x = MDS1, y = MDS2))+
  geom_point( data = fitp, aes( colour = group, shape = group, size = 4))+
  geom_text( data = fitp, aes( colour = group, label = sample, hjust = -0.7, size = 4))+
  geom_polygon( data = hulls, aes( alpha = 0.8, fill = group))+
  theme_bw()+
  guides(size=F,alpha=F)