R会话中止包
你好堆栈溢出社区,R会话中止包,r,package,raster,R,Package,Raster,你好堆栈溢出社区, 本周我升级到了R和R studio的最新版本,每当我尝试加载包时,我的R会话都会遇到致命错误 我试着查看包的依赖项,并重新安装了所有这些依赖项以确保安全 # Install dependencies db <- available.packages() (deps <- tools::package_dependencies("raster", db)$raster) # [1] "sp" "Rcpp" "methods" install.pack
本周我升级到了R和R studio的最新版本,每当我尝试加载包时,我的R会话都会遇到致命错误 我试着查看包的依赖项,并重新安装了所有这些依赖项以确保安全
# Install dependencies
db <- available.packages()
(deps <- tools::package_dependencies("raster", db)$raster)
# [1] "sp" "Rcpp" "methods"
install.packages(deps)
在寻找解决方案时,我还发现我的Makevars文件不完整。我使用了所描述的解决方案,它要求RStudio确保它总是使用尾随的换行符保存文件,但在这里它不起作用。
问题是我不知道我是否有这个问题已经很长时间了,或者它是否与光栅问题有关
我尝试加载超过50个其他包,错误似乎与光栅库有关
提前非常感谢您可能提供的任何帮助。我真的不知道下一步要考什么
最好的,
罗莎莉问题出在叮当声上 我首先更新到macOS Catalina 10.15.4,然后使用卸载了以前版本的R开发工具链。然后,我用了一些: 在终端中,我使用代码
xcode select--install
,打开一个弹出窗口。按“安装”,然后按照步骤安装xcode。
通过在gcc--version
中单击来验证安装。
然后,下载并安装相应的gfortran二进制文件
在R中,我重新安装了Rcpp和光栅install.packages(“Rcpp”、“光栅”)
我现在可以加载光栅而不会中止会话 这里可能有一些有用的提示:
devtools::session_info("raster")
─ Session info ───────────────────────────────────────────────────────────────────
setting value
version R version 3.6.3 (2020-02-29)
os macOS Mojave 10.14.6
system x86_64, darwin15.6.0
ui RStudio
language (EN)
collate en_US.UTF-8
ctype en_US.UTF-8
tz America/New_York
date 2020-04-17
─ Packages ───────────────────────────────────────────────────────────────────────
package * version date lib source
lattice * 0.20-41 2020-04-02 [1] CRAN (R 3.6.2)
raster 3.0-12 2020-01-30 [1] CRAN (R 3.6.0)
Rcpp 1.0.4.6 2020-04-09 [1] CRAN (R 3.6.3)
sp 1.4-1 2020-02-28 [1] CRAN (R 3.6.0)
[1] /Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.6/Resources/library
> writeLines(readLines(file.path(Sys.getenv("HOME"), ".R/Makevars")))
##CC=clang
##CXX=clang++
CPPFLAGS="-isystem /Library/Developer/CommandLineTools/SDKs/MacOSX.sdk/usr/include"
CC = gcc
CXX=/usr/local/bin/g++-9
CXX1X=/usr/local/clang6/bin/clang++
CXX98=/usr/local/clang6/bin/clang++
CXX11=/usr/local/clang6/bin/clang++
CXX14=/usr/local/clang6/bin/clang++
CXX17=/usr/local/clang6/bin/clang++
LDFLAGS=-L/usr/local/clang6/lib
Warning message:
In readLines(file.path(Sys.getenv("HOME"), ".R/Makevars")) :
incomplete final line found on '/Users/Rosalie/.R/Makevars'