R会话中止包

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你好堆栈溢出社区,
本周我升级到了R和R studio的最新版本,每当我尝试加载包时,我的R会话都会遇到致命错误

我试着查看包的依赖项,并重新安装了所有这些依赖项以确保安全

# Install dependencies
db <- available.packages()
(deps <- tools::package_dependencies("raster", db)$raster)
# [1] "sp"      "Rcpp"    "methods"
install.packages(deps)
在寻找解决方案时,我还发现我的Makevars文件不完整。我使用了所描述的解决方案,它要求RStudio确保它总是使用尾随的换行符保存文件,但在这里它不起作用。 问题是我不知道我是否有这个问题已经很长时间了,或者它是否与光栅问题有关

我尝试加载超过50个其他包,错误似乎与光栅库有关

提前非常感谢您可能提供的任何帮助。我真的不知道下一步要考什么

最好的,
罗莎莉

问题出在叮当声上

我首先更新到macOS Catalina 10.15.4,然后使用卸载了以前版本的R开发工具链。然后,我用了一些:

在终端中,我使用代码
xcode select--install
,打开一个弹出窗口。按“安装”,然后按照步骤安装xcode。 通过在
gcc--version
中单击来验证安装。 然后,下载并安装相应的gfortran二进制文件

在R中,我重新安装了Rcpp和光栅
install.packages(“Rcpp”、“光栅”)


我现在可以加载光栅而不会中止会话

这里可能有一些有用的提示:
devtools::session_info("raster")
─ Session info ───────────────────────────────────────────────────────────────────
 setting  value                       
 version  R version 3.6.3 (2020-02-29)
 os       macOS Mojave 10.14.6        
 system   x86_64, darwin15.6.0        
 ui       RStudio                     
 language (EN)                        
 collate  en_US.UTF-8                 
 ctype    en_US.UTF-8                 
 tz       America/New_York            
 date     2020-04-17                  

─ Packages ───────────────────────────────────────────────────────────────────────
 package * version date       lib source        
 lattice * 0.20-41 2020-04-02 [1] CRAN (R 3.6.2)
 raster    3.0-12  2020-01-30 [1] CRAN (R 3.6.0)
 Rcpp      1.0.4.6 2020-04-09 [1] CRAN (R 3.6.3)
 sp        1.4-1   2020-02-28 [1] CRAN (R 3.6.0)

[1] /Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.6/Resources/library
> writeLines(readLines(file.path(Sys.getenv("HOME"), ".R/Makevars")))
##CC=clang
##CXX=clang++
CPPFLAGS="-isystem /Library/Developer/CommandLineTools/SDKs/MacOSX.sdk/usr/include"
CC = gcc
CXX=/usr/local/bin/g++-9
CXX1X=/usr/local/clang6/bin/clang++
CXX98=/usr/local/clang6/bin/clang++
CXX11=/usr/local/clang6/bin/clang++
CXX14=/usr/local/clang6/bin/clang++
CXX17=/usr/local/clang6/bin/clang++
LDFLAGS=-L/usr/local/clang6/lib
Warning message:
In readLines(file.path(Sys.getenv("HOME"), ".R/Makevars")) :
  incomplete final line found on '/Users/Rosalie/.R/Makevars'