从knitr中的子文档中剥离YAML

我正在rmarkdown中编写一些相关文档，我将通过jekyll将这些文档编译成一个网站。在这样做的过程中，我遇到了一个问题：

我正在使用的一些Rmd文件将其他Rmd文件作为子文档调用。使用knitr渲染时，生成的文档包含来自父文档和子文档的yaml前端内容。下面给出了一个例子

到目前为止，当一个子文档是Rmd时，我还看不到任何方法可以只指定该文档的一部分。有人知道有什么方法可以在knit（）期间将子文档读入父Rmd时从子文档中剥离yaml吗

我很乐意考虑R以外的答案，最好是我可以嵌入RaKFr档中的一些东西。不过，我不想永久地修改子文档。所以剥离yaml不会是永久性的。最后，yaml的长度因文件而异，所以我猜任何解决方案都需要能够通过regex/grep/sed/etc找到yaml的开头和结尾

例如：

%%%%母公司文件rmd%%%

 ---
 title: parent doc
 layout: default 
 etc: etc
 ---
 This is the parent...

 ```{r child import, child="./child_doc."}
 ```

 ---
 title: child doc
 layout: default 
 etc: etc
 ---

 lorem ipsum etc

%%%%子文档rmd%%%

 ---
 title: parent doc
 layout: default 
 etc: etc
 ---
 This is the parent...

 ```{r child import, child="./child_doc."}
 ```

 ---
 title: child doc
 layout: default 
 etc: etc
 ---

 lorem ipsum etc

%%%%output.md%%%

 ---
 title: parent doc
 layout: default 
 etc: etc
 ---
 This is the parent...
 ---
 title: child doc
 layout: default 
 etc: etc
 ---

 lorem ipsum etc

 ---
 title: parent doc
 layout: default 
 etc: etc
 ---
 This is the parent...

 lorem ipsum etc

%%%%理想输出.md%%%

 ---
 title: parent doc
 layout: default 
 etc: etc
 ---
 This is the parent...
 ---
 title: child doc
 layout: default 
 etc: etc
 ---

 lorem ipsum etc

 ---
 title: parent doc
 layout: default 
 etc: etc
 ---
 This is the parent...

 lorem ipsum etc

---

同时，也许以下几点对你有用；这是一种丑陋而低效的工作方式（我是knitr的新手，不是一个真正的程序员），但它实现了我相信您想要做的事情

我曾为类似的个人用途写过一篇文章，包括以下内容：；原文是西班牙语，因此我将其翻译如下：

extraction <- function(matter, escape = FALSE, ruta = ".", patron) {

  require(yaml)

  # Gather together directory of documents to be processed

  doc_list <- list.files(
    path = ruta,
    pattern = patron,
    full.names = TRUE
    )

  # Extract desired contents

  lapply(
    X = doc_list,
    FUN = function(i) {
      raw_contents <- readLines(con = i, encoding = "UTF-8")

      switch(
        EXPR = matter,

        # !YAML (e.g., HTML)

        "no_yaml" = {

          if (escape == FALSE) {

            paste(raw_contents, sep = "", collapse = "\n")

          } else if (escape == TRUE) {

            require(XML)
            to_be_escaped <- paste(raw_contents, sep = "", collapse = "\n")
            xmlTextNode(value = to_be_escaped)

          }

        },

        # YAML header and Rmd contents

        "rmd" = {
          yaml_pattern <- "[-]{3}|[.]{3}"
          limits_yaml <- grep(pattern = yaml_pattern, x = raw_contents)[1:2]
          indices_yaml <- seq(
            from = limits_yaml[1] + 1,
            to = limits_yaml[2] - 1
            )
          yaml <- mapply(
            FUN = function(i) {yaml.load(string = i)},
            raw_contents[indices_yaml],
            USE.NAMES = FALSE
            )
          indices_rmd <- seq(
            from = limits_yaml[2] + 1,
            to = length(x = raw_contents)
            )
          rmd<- paste(raw_contents[indices_rmd], sep = "", collapse = "\n")
          c(yaml, "contents" = rmd)
        },

        # Anything else (just in case)

        {
          stop("Matter not extractable")
        }

      )

    }
    )

}

在

main.Rmd

中，我从

/sections

导入子文档：

---
title: Main
author: me
date: Today
output:
  html_document
---

```{r, 'setup', include = FALSE}
opts_chunk$set(autodep = TRUE)
dep_auto()
```

```{r, 'import_children', cache = TRUE, include = FALSE}
source('./assets/extraction.R')
rmd <- extraction(
  matter = 'rmd',
  ruta = './sections',
  patron = "*.Rmd"
  )
```

# Abstract

```{r, 'abstract', echo = FALSE, results = 'asis'}
cat(x = rmd[[1]][["contents"]], sep = "\n")
```

# Introduction

```{r, 'intro', echo = FALSE, results = 'asis'}
cat(x = rmd[[2]][["contents"]], sep = "\n")
```

# Methods

```{r, 'methods', echo = FALSE, results = 'asis'}
cat(x = rmd[[3]][["contents"]], sep = "\n")
```

# Results

```{r, 'results', echo = FALSE, results = 'asis'}
cat(x = rmd[[4]][["contents"]], sep = "\n")
```

# Discussion

```{r, 'discussion', echo = FALSE, results = 'asis'}
cat(x = rmd[[5]][["contents"]], sep = "\n")
```

# Conclusion

```{r, 'conclusion', echo = FALSE, results = 'asis'}
cat(x = rmd[[6]][["contents"]], sep = "\n")
```

# References

上述文档是

main.Rmd

的编织版本，即

main.md

。请注意，在我的子文档

04 results.Rmd

中的

##Result 1

下，我获取了一个外部R脚本

/stats/analysis.R

，它现在作为新的knitr块合并到我的针织文档中；因此，我现在需要再次编写该文件

当子文档也包含块时，我会将主文档编织成另一个

.Rmd

，而不是编织成

.md

，次数与嵌套块的次数相同，例如，继续上面的示例：

使用

knit（input='./main.Rmd'，output='./main_2.Rmd'）

，而不是将

main.Rmd

编织到

main.md

中，我将它编织到另一个.Rmd中，以便能够编织包含新导入块的结果文件，例如上面的R脚本

analysis.R

现在，我可以将我的

main_2.Rmd

编织成

main.md

或通过

rmarkdown:：render（输入='./main_2.Rmd'，输出文件='./main.html'）

将其呈现为

main.html

注意：在上面的

main.md

示例中，我的R脚本的路径是

。/stats/analysis.R

。这是相对于源文件的子文档的路径，

/sections/04 results.Rmd

。一旦我将子文档导入位于

my_目录

根目录下的主文档，即

/main.md

或

/main_2.Rmd

，路径就会出错；因此，我必须在下次编织之前手动将其更正为

/stats/analysis.R

我在上面提到过，最好按照导入主文档的顺序保存子文档。这是因为我的简单函数

extraction（）；考虑：

> str(rmd)
List of 6
 $ :List of 4
  ..$ title     : chr "child doc 1"
  ..$ layout    : chr "default"
  ..$ etc       : chr "etc"
  ..$ contents: chr "\nThis is **Child Doc 1**, my abstract."
 $ :List of 4
  ..$ title     : chr "child doc 2"
  ..$ layout    : chr "default"
  ..$ etc       : chr "etc"
  ..$ contents: chr "\nThis is **Child Doc 2**, my introduction.\n\n- Point 1\n- Point 2\n- Point *n*"
 $ :List of 4
  ..$ title     : chr "child doc 3"
  ..$ layout    : chr "default"
  ..$ etc       : chr "etc"
  ..$ contents: chr "\nThis is **Child Doc 3**, my \"Methods\" section.\n\n| method 1 | method 2 | method *n* |\n|--------------|--------------|----"| __truncated__
 $ :List of 4
  ..$ title     : chr "child doc 4"
  ..$ layout    : chr "default"
  ..$ etc       : chr "etc"
  ..$ contents: chr "\nThis is **Child Doc 4**, my \"Results\" section.\n\n## Result 1\n\n```{r}\nlibrary(knitr)\n```\n\n```{r, cache = FALSE}\nsour"| __truncated__
 $ :List of 4
  ..$ title     : chr "child doc 5"
  ..$ layout    : chr "default"
  ..$ etc       : chr "etc"
  ..$ contents: chr "\nThis is **Child Doc 5**, where the results are discussed."
 $ :List of 4
  ..$ title     : chr "child doc 6"
  ..$ layout    : chr "default"
  ..$ etc       : chr "etc"
  ..$ contents: chr "\nThis is **Child Doc 6**, where I state my conclusions."

< > >代码> ExcActuple（）/代码>这里实际上存储了指定子文档的R标记内容，以及它们的YAML，以防您也有此用途（我自己做的）。
如果将文件提交给@ iHuri：我将把它放在一个特征请求中，我可以把它看作是KNITR的下一个版本的特征请求，但这对你来说可能不值得。我的用例可能相当具体。谢谢你的回复，不太感谢。我不介意小的功能请求：）这已经在knitr的当前开发版本中实现，将来将出现在CRAN上的knitr v1.8中。