R 在特定文件夹中运行文件时出错,而同一文件在其他文件夹中平稳运行
我正在使用超级计算机在12个文件夹中同时运行相同的R 在特定文件夹中运行文件时出错,而同一文件在其他文件夹中平稳运行,r,compiler-errors,package,global,R,Compiler Errors,Package,Global,我正在使用超级计算机在12个文件夹中同时运行相同的R文件(file.R)。该文件具有完全相同的名称和内容,唯一的区别是它包含在不同的文件夹中。每个文件夹中都没有.RData文件。所有文件都调用另一个文件夹中相同的.RData文件。类似地,对于R包 该文件在除文件夹m2外的所有文件夹中运行平稳,其中.Rout文件的输出为: Error in load(name, envir = .GlobalEnv) : ReadItem: unknown type 0, perhaps written b
R
文件(file.R
)。该文件具有完全相同的名称和内容,唯一的区别是它包含在不同的文件夹中。每个文件夹中都没有.RData
文件。所有文件都调用另一个文件夹中相同的.RData
文件。类似地,对于R包
该文件在除文件夹m2
外的所有文件夹中运行平稳,其中.Rout
文件的输出为:
Error in load(name, envir = .GlobalEnv) :
ReadItem: unknown type 0, perhaps written by later version of R
Calls: sys.load.image -> load
Execution halted
文件的开头是:
##############################################################################
## ##
## - - - - - - ##
## ##
## S I M U L A T I O N S ##
##############################################################################
require(tidyverse)
require(dplyr)
require(scales)
require(pracma)
require(foreach)
require(doSNOW)
而且.Rout
文件甚至不打印注释和包。它会立即退出并显示该错误消息。我不明白为什么文件夹m2
如此特殊。你知道这个错误吗
对不起,我知道我没有给你一个可复制的例子,但我就是不能复制它。运行
bsub-n2-qlong\u int-Ip-w48:00-R“rusage[mem=20000]”-M 20000-hl R CMD BATCH simulation\u doParallel2.R
效果很好。我认为您从中调用Rscript的文件夹上可能有一个.RData。。。他可能在家
运行:
find/home-iname*.RData
查找文件缺少大量信息。。。在m2
中是否有.RData
(是的,这是全名)?将--vanilla
添加到R的选项中是否有帮助?如果将m2
重命名为其他名称,是否有效?如果将.RData
符号链接到每个文件夹中(甚至复制,但我知道这样做会破坏目的)是否有效?否m2
中没有数据文件。该脚本调用另一个文件夹中的数据。我还没有尝试过--vanilla
选项。是的,它与另一个名称一起工作。在运行任何其他操作之前,会触发对sys.load.image
的调用,这表明m2
中有一些东西在R运行期间自动加载。。。.RData
文件(通常是隐藏的)是最有可能的罪魁祸首。我明白了,但文件夹中只有其他.R文件或.Rout文件。@Andrew我知道我在这里有点白费力气,但要100%确定,你检查过隐藏的文件吗?正如您所说,这是一台“超级计算机”,我假设您在Linux上,因此这将通过ls-a
在终端上实现(假设您当前的终端工作目录是m2
)