R中的轮廓图

R中的轮廓图,r,R,我有一组数据,其中包含: 项目,关联聚类,轮廓系数。如有必要,我可以用更多信息进一步扩充此数据集 我想在R中生成一个轮廓图。我遇到了一些问题,因为我遇到的示例使用内置的kmeans(或相关的)聚类函数并绘制结果。我想绕过这一步,为我自己的聚类算法生成绘图,但我最终没有为绘图函数提供正确的参数 多谢各位 编辑 数据集示例 我尝试的是加载数据集,并使用基于包集群中函数剪影的各种参数将其传递到绘图函数可以为您进行绘图。它只需要一个集群成员向量(由您选择的任何算法生成)和一个相异矩阵(可能最好使用生成集

我有一组数据,其中包含: 项目,关联聚类,轮廓系数。如有必要,我可以用更多信息进一步扩充此数据集

我想在R中生成一个轮廓图。我遇到了一些问题,因为我遇到的示例使用内置的kmeans(或相关的)聚类函数并绘制结果。我想绕过这一步,为我自己的聚类算法生成绘图,但我最终没有为绘图函数提供正确的参数

多谢各位

编辑

数据集示例


我尝试的是加载数据集,并使用基于包
集群
中函数
剪影
的各种参数将其传递到
绘图
函数可以为您进行绘图。它只需要一个集群成员向量(由您选择的任何算法生成)和一个相异矩阵(可能最好使用生成集群时使用的相同矩阵)。例如:

library (cluster)
library (vegan)
data(varespec)
dis = vegdist(varespec)
res = pam(dis,3) # or whatever your choice of clustering algorithm is
sil = silhouette (res$clustering,dis) # or use your cluster vector
windows() # RStudio sometimes does not display silhouette plots correctly
plot(sil)
编辑:对于k-均值(使用平方欧几里德距离)


请提供您的一些数据和您尝试的代码。这里是如何创建一个。这使其他人更容易帮助你。你能更详细地介绍一下代码吗?
dis
将包含哪些内容
res
将包含哪些内容?
dis
将是类
dist
的距离/差异矩阵。有关详细信息,请参见
?vegdist
res
在本例中是
pam
(围绕medoid进行分区)的结果对象;在该
聚类中
是一个向量,包含每个样本分配到的聚类的标识。无论使用什么算法,都需要从结果中提取集群成员向量。您希望使用哪种方法?数据已经使用Kmeans进行了集群。并计算了轮廓系数。我会接受你的答案,只要我有机会测试一下,看看它是否有效。
library (vegan)
library (cluster)
data(varespec)
dis = dist(varespec)^2
res = kmeans(varespec,3)
sil = silhouette (res$cluster, dis)
windows() 
plot(sil)