R UseMethod（“选择方法”）中出错：没有适用于“选择方法”的方法应用于类为“NULL”的对象

在将这个R标记编入HTML文件时，我遇到了一个奇怪的错误。我认为这与dplyr包与knitr的某种不兼容有关

更新：我用dplyr:：bind_cols命令替换了cbind块，正如下面有人建议不要将cbind与dplyr一起使用。然而，我现在得到了一个不同的、同样无法理解的错误：

图书馆弹琴 counts.all eval->eval->bind\u cols->cbind\u all->呼叫

以前使用cbind而不是dplyr:：bind_cols时出错：

单独运行块可以很好地工作，并且我能够很好地编织，直到我使用select from dplyr添加了最后一块

这是我得到的错误：

读取元数据。 为与dplyr兼容，请勿将单元格ID列指定为row.names

```{r}
meta <- read.delim("QC_metrics_SCell_SF10281_SF10282_SF10345_SF10360.txt", check.names = F, stringsAsFactors = F)
```

根据活/死/多个呼叫筛选单元格。 排除空、仅红色和多单元格井：

```{r, results='hide', message=FALSE, warning=FALSE}
library(dplyr)
meta.select <- filter(meta, grepl("^1g", `Live-dead_call`))
```

基于1000个基因阈值筛选细胞：

(Includes 12 'FAIL' cells)
```{r}
meta.select <- filter(meta.select, Genes_tagged > 1000)
```

子集计数表仅包括通过QC的单元格

```{r}
counts.select <- dplyr::select(counts.all, one_of(meta.select$ID))
head(counts.select[,1:10])
```

---

如果没有再现问题的数据，很难判断，但根据错误消息，它可能会计数。all为空，尽管cbind可能会导致select出现其他问题。要进行故障排除，请在创建该对象并注释掉dplyr:：select行后返回类似headcounts.all的内容，同时了解发生了什么。感谢您的回复。您是对的-编制.all在HTML文件中返回NULL。但是，当我在运行cbind命令后在控制台中执行headcounts.all时，它会准确地返回它应该返回的值。为什么会这样？我应该用另一个命令替换cbind吗，也许是来自dplyr？我用dplyr:：bind_cols替换了cbind命令，请参见更新。谢谢你的帮助！编辑：我替换了命令，但在编织时仍然出现错误。@marc_aragones:这是Rmarkdown，不是Markdown。请不要改变它。

```{r}
counts.all <- cbind(count.tables[["SF10281"]], count.tables[["SF10282"]], count.tables[["SF10345"]], count.tables[["SF10360"]])

write.table(counts.all, file="gliomaRawCounts_10281_10282_10345_10360.txt", sep="\t", quote=F, col.names=NA)
```

```{r}
meta <- read.delim("QC_metrics_SCell_SF10281_SF10282_SF10345_SF10360.txt", check.names = F, stringsAsFactors = F)
```

```{r, results='hide', message=FALSE, warning=FALSE}
library(dplyr)
meta.select <- filter(meta, grepl("^1g", `Live-dead_call`))
```

(Includes 12 'FAIL' cells)
```{r}
meta.select <- filter(meta.select, Genes_tagged > 1000)
```

```{r}
counts.select <- dplyr::select(counts.all, one_of(meta.select$ID))
head(counts.select[,1:10])
```