ggforest(survminer)仅选定协变量
我想在考克斯生存模型之后创建一个森林地块。然而,我想只显示图表中的一些协变量?有人知道这是否可能吗?也许使用GG2? 谢谢ggforest(survminer)仅选定协变量,r,ggplot2,survival-analysis,forestplot,R,Ggplot2,Survival Analysis,Forestplot,我想在考克斯生存模型之后创建一个森林地块。然而,我想只显示图表中的一些协变量?有人知道这是否可能吗?也许使用GG2? 谢谢 库(生存) 图书馆(survminer) 模型我的机器上当前版本的ggforest不允许我选择要在绘图中显示的变量。然而,另一个包forestmodel::forestmodel有covariates=,它应该允许用户选择变量。但是,当前版本的forestmodel可能无法正确执行此操作,如下图所示: colon <- within(colon, { sex &l
库(生存)
图书馆(survminer)
模型我的机器上当前版本的ggforest
不允许我选择要在绘图中显示的变量。然而,另一个包forestmodel::forestmodel
有covariates=
,它应该允许用户选择变量。但是,当前版本的forestmodel
可能无法正确执行此操作,如下图所示:
colon <- within(colon, {
sex <- factor(sex, labels = c("female", "male"))
differ <- factor(differ, labels = c("well", "moderate", "poor"))
extent <- factor(extent, labels = c("submuc.", "muscle", "serosa", "contig."))
})
bigmodel <-
coxph(Surv(time, status) ~ sex + rx + adhere + differ + extent + node4,
data = colon )
forest_model(bigmodel, covariates = c("sex", "rx"))
这将生成以下图表。生成一个令人满意的图形可能需要更多的学习,但相对而言,您是在控制中的。
我的机器上当前版本的ggforest
不允许我选择要在绘图中显示的变量。然而,另一个包forestmodel::forestmodel
有covariates=
,它应该允许用户选择变量。但是,当前版本的forestmodel
可能无法正确执行此操作,如下图所示:
colon <- within(colon, {
sex <- factor(sex, labels = c("female", "male"))
differ <- factor(differ, labels = c("well", "moderate", "poor"))
extent <- factor(extent, labels = c("submuc.", "muscle", "serosa", "contig."))
})
bigmodel <-
coxph(Surv(time, status) ~ sex + rx + adhere + differ + extent + node4,
data = colon )
forest_model(bigmodel, covariates = c("sex", "rx"))
这将生成以下图表。生成一个令人满意的图形可能需要更多的学习,但相对而言,您是在控制中的。
library(forestplot)
library(tidyverse)
# Save model information
df <- broom::tidy(bigmodel, exponentiate = TRUE)
# pick up the first 4 values
df1 <- df[1:4, ] %>%
transmute(
HR = round(estimate, 2),
low = conf.low,
high = conf.high)
row_names <- cbind(c("Name", "Sex", "Lev", "Lev + 5FU", "adhere"),
c("HR", df1$HR))
df1 <- rbind(rep(NA, 4), df1)
forestplot(labeltext = row_names,
df1[,c("HR", "low", "high")],
is.summary=c(FALSE, FALSE, FALSE),
zero = 1,
xlog = TRUE)