Regex sed查找并替换fastq正则表达式

我有一个文件，比如

head testSed.fastq
@M01551:51:000000000-BCB7H:1:1101:15800:1330 1:N:0:NGTCACTN+TATCCTCTCTTGAAGA
NGTCACTN
+
#>AAAAF#
@M01551:51:000000000-BCB7H:1:1101:15605:1331 1:N:0:NATCAGCN+TAGATCGCCAAGTTAA
NATCAGCN
+
#>>AA?C#
@M01551:51:000000000-BCB7H:1:1101:15557:1332 1:N:0:NCAGCAGN+TATCTTCTATAAATAT
NCAGCAGN

我试图用正则表达式将最后一个冒号后面的字符串替换为

0

（在本例中，第1、5、9行-但为全局）

我已经使用egrep

egrep'[ATGCN]{8}\+[ATGCN]{16}$'testSed.fastq

检查了我的正则表达式，它返回了我期望的所有行

但是，当我尝试使用

sed-I的/[ATGCN]{8}\+[ATGCN]{16}$/0/g'testSed.fastq

时，原始文件保持不变，不会发生替换

---

我怎样才能解决这个问题？我的正则表达式不够具体吗？

需要正则表达式吗

awk -F: -v OFS=: '/^@/ {$NF = "0"} 1' testfile

这不会在适当的地方保存。如果你有GNU awk，你可以

gawk -F: -v OFS=: -i inplace '...' file

---

ref:

您的正则表达式的结构是ERE而不是BRE，这是sed的默认解释。并非所有的sed实现都支持ERE，但您可以在您的环境中检查

man sed

，以确定它是否适合您。查找

-r

或

-E

选项。您可以通过在大括号前面加反斜杠来交替使用边界

也就是说，与其匹配最后一个字段中的精确文本，为什么不只查找以冒号开头且后面没有冒号的字符串呢？以下RE与BRE和ERE兼容

$ sed '/^@/s/:[^:]*$/:0/' testq
@M01551:51:000000000-BCB7H:1:1101:15800:1330 1:N:0:0
NGTCACTN
+
#>AAAAF#
@M01551:51:000000000-BCB7H:1:1101:15605:1331 1:N:0:0
NATCAGCN
+
#>>AA?C#
@M01551:51:000000000-BCB7H:1:1101:15557:1332 1:N:0:0
NCAGCAGN

---

您需要转义

{}

或使用

-E/-r

您可以详细说明吗？@skurp，用户123建议

sed-E-i…

启用egrep样式的扩展正则表达式。注意

-i inplace

仅为4.0+