Snakemake 访问Snakefile中的--default远程前缀

当我在google life sciences executor上运行snakemake时，我会运行类似于：

snakemake  --google-lifesciences --default-remote-prefix my_bucket_name  --preemption-default 10 --use-conda

现在，

my_bucket\u name

将添加到所有输入和输出路径中

但出于某些原因，我需要在Snakefile代码中重新创建完整路径，因此我希望能够访问代码中传递给

--默认远程前缀

的任何内容

有办法做到这一点吗

我希望能够访问传递给的任何内容——代码中的默认远程前缀

可以使用以下对象：

print(workflow.default_remote_prefix) # Will print my_bucket_name in your example

rule all:
    input: ...

我不能100%确定

工作流

对象是否应该由用户使用，或者它是否是snakemake的私有对象，如果是这样，将来可以在没有警告的情况下更改它。但是我觉得没关系，我一直使用

workflow.basedir

来获取蛇文件所在的目录

或者，您可以解析

sys.argv

列表，但我认为这更具黑客性

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另一种选择：

bucket_name=foo
snakemake --default-remote-prefix $bucket_name --config bucket_name=$bucket_name ...

然后在代码中使用

config[“bucket\u name”]

获取值

foo

。但我仍然更喜欢

工作流

解决方案