String bash函数不会接受解析到它的最后两个参数

我试图通过一个函数传递数据文件的每一行。除了文件中的数据外，函数中还解析了许多其他参数。对于每一行，总共解析11个参数。由于某些原因，函数会忽略最后两个参数

下面是我的代码，以及输入数据的示例和运行代码的结果。有什么建议吗

守则：

function exon_parse {
    data=$1
    CHROM=$(awk ' {print $1}' <<< $data )
    CHROM_LENGTH=$(awk ' {print $2}' <<< $data )
    EXON_LENGTH=$(awk ' {print $3}' <<< $data )
    STRAND=$(awk ' {print $4}' <<< $data )
    START=$(awk ' {print $5}' <<< $data )
    STOP=$(awk ' {print $6}' <<< $data )
    POLY_SITES=$(awk ' {print $7}' <<< $data )
    Av_Cov_Min=$2
    Min_SNPs=$3
    REF=$4
    BAM1=$5
    BAM2=$6
    BAM3=$7
    BAM4=$8
    BAM4=$8
    BAM6=$10
    OUTPUT_FILE=$11
    echo $1
    echo $2
    echo $3
    echo $4
    echo $5
    echo $6
    echo $7
    echo $8
    echo $9
    echo $10
    echo $11
    exit 0
}
INPUT_FILE="/filepath/confused_reads.txt_"
OUTPUT_FILE="/filepath/filtered_recovered_reads.txt"
Av_Cov_Min=40
Min_SNPs=10
REF="/filepath/Renamed_pmin.scaf.fa"
BAM1="/filepath/SRR573675.realigned.bam"
BAM2="/filepath/SRR573705.realigned.bam"
BAM3="/filepathSRR573706.realigned.bam"
BAM4="/filepath/SRR573707.realigned.bam"
BAM5="/filepath/SRR573708.realigned.bam"
BAM6="/filepath/SRR573709.realigned.bam"
count=1
while read line; do
    if [[ $count == 1 ]]; then
        count=$(( count + 1 ))
    else
        data=$line
        exon_parse  "$data" $Av_Cov_Min $Min_SNPs $REF $BAM1 $BAM2 $BAM3 $BAM4 $BAM5 $BAM6 $OUTPUT_FILE 
    fi

done < ${INPUT_FILE}

最后两个参数发生了什么变化

输入文件的前几行是这样的（我构建了我的代码，这样它就不会解析头行）：

---

尝试改用

${10}

和

${11}

Bash变量可以有选择地用

{}

包围，以避免歧义，这是必要的情况之一

然而，还有另一种惯用的（而且更干净）方法来处理这个问题。将参数变量重新指定给命名变量，如下所示：

function exon_parse {
    data=$1;shift
    Av_Cov_Min=$1;shift
    Min_SNPs=$1;shift
    ....

shift

内置导致

$1

的内容被删除，

$2

的内容被“下移”到

$1

<代码>$3和所有其他参数也下移

---

这允许您访问所有参数，而无需引用任何高于

$1

的位置变量，从而完全避免了此问题。当然，这是不必要的，但我发现它很容易忘记并意外地键入

$11

，而不是

${11}

。通过不断变换，我永远不必担心这一点。

Ooof。不要像那样使用

awk

来解析第一个参数。使用shell内置的

read

拆分行并将片段分配给各种变量。在这种情况下，我使用awk计算效率很低？非常低。你正在为每个作业开始一个新的过程。我不会说像这样不必要地使用

shift

更惯用。嗯，至少这是我的惯用用法。它确实需要更高级的参数处理，例如在处理开关和/或可选参数时，我认为它是“防御性编码”，以避免OP所犯的错误。哦，是的，<代码>移位< /代码>对于以非均匀的方式迭代参数非常有用，例如解析一系列选项，其中一些可能需要一个或多个参数本身。不过，在这种情况下，一个固定大小和已知顺序的简单序列，只使用编号的参数就更简单了。我突然想到，壳牌可能会将10美元和11美元解释为1+“0”和1+“1”。看起来很明显，回顾过去，这是一个很容易犯的错误，即使你知道要检查它！

scaffold    scaff_length    exon_length strand  start   stop    total_polymorphic_sites
Scaffold10026   154793  6043    .   1   6043    93
Scaffold10026   154793  6043    .   1   6043    93
Scaffold10026   154793  6043    .   1   6043    93
Scaffold10575   154793  5235    .   22299   27533   103
Scaffold10575   154793  5235    .   22299   27533   103

function exon_parse {
    data=$1;shift
    Av_Cov_Min=$1;shift
    Min_SNPs=$1;shift
    ....