Unix 如何使用awk或sed复制列并基于分隔符拆分另一列？

我有一个大的输入文件，如下所示：

VARIANTS        SAMPLES
chr1:10583:G:A  HSB100
chr1:10583:G:A  HSB105
chr1:10583:G:A  HSB107
chr1:10583:G:A  HSB121
chr1:10583:G:A  HSB122

我需要它看起来像是：

CHROM   POS     ID              REF ALT QUAL FILTER INFO
chr1    10583   chr1:10583:G:A  G   A   .    .      HSB100
chr1    10583   chr1:10583:G:A  G   A   .    .      HSB105
chr1    10583   chr1:10583:G:A  G   A   .    .      HSB107
chr1    10583   chr1:10583:G:A  G   A   .    .      HSB121
chr1    10583   chr1:10583:G:A  G   A   .    .      HSB122

---

基本上，我需要复制输入的第一列（它将成为

ID

列），然后根据“：”分隔符将原始列拆分为这些新列。我已经编写了一个python脚本来实现这一点，但是它占用了太多的内存。

QUAL

和

FILTER

列只是虚拟列，其中所有行都是

。如何使用awk或sed之类的工具获得所需的输出？

通过在冒号上拆分$1，可以使用以下方法生成输出：

$ awk '{split($1,s,":"); print s[1],s[2],$1,s[3],s[4],".",".",$2;}' file.txt
chr1 10583 chr1:10583:G:A G A . . HSB100
chr1 10583 chr1:10583:G:A G A . . HSB105
chr1 10583 chr1:10583:G:A G A . . HSB107
chr1 10583 chr1:10583:G:A G A . . HSB121
chr1 10583 chr1:10583:G:A G A . . HSB122

这可能适用于您（GNU-sed）：

---

模式匹配和反向引用。

减去1对于处理文件的方式，请使用Ed编写的内容。编辑你的帖子并给你+1。

sed -E 's/^((.*):(.*):(.*):(.*)) /\2 \3 \1\4 \5. . /' file