Web scraping 下载所有pubmed摘要

有人知道我如何轻松下载所有pubmed文章摘要吗？我正在从事一个文本挖掘项目

我能找到的最接近的一个可以在给定pmid的情况下一次下载一个摘要，但对于我来说，这太慢了，因为我必须一次下载一个。它们允许每个查询下载25篇json或xml格式的文章。有关疟疾的文章的示例查询如下所示：

您可以使用不同的搜索查询格式，这取决于您真正想要检索的内容。

搜索

“0000/01/01”[PDAT]：“3000/12/31”[PDAT]

应该可以从一开始就获得每一篇文章

也许搜索结果上方显示的“发送到”功能可以让您下载所有内容

或者，您可以从NCBI编写脚本并使用Entrez编程实用程序

您可以使用ESearch执行搜索查询，它将返回所有PMID。 然后可以使用EFetch返回所有数据。本书/手册对此进行了解释：

第3章包含一些示例脚本，可以帮助您开始：

您将获得包含摘要和所有其他数据的xml文件

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2500万个XML文件…

我知道这已经有点过时了，但它们有一个用于完全相同的用例的过程——大规模采矿项目

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您可以通过免费许可协议获取数据-更多信息。

您可以通过FTP直接从NLM获取所有数据

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下载并继续工作，而不用担心e-utils。

您最终为此编写了脚本吗？如果是的话，你能分享一下吗？谢谢虽然此链接可以回答问题，但最好在此处包含答案的基本部分，并提供链接供参考。如果链接页面发生变化，则仅链接的答案可能无效。我认为该页面提供了MEDLINE，我认为这是pubmed提供的（重要的）子集。