Yaml 使用；snakemake--config"；传递字符串列表

试图通过

--config

参数将两个字符串的列表传递给Snakemake工作流时遇到问题

My config.yaml包含一个带有两个字符串的列表变量

illumina_输入：[“sample1/forward.fastq”，“sample1/reverse.fastq”]

当我使用Snakemake更改此YAML文件中的值时，这可以正常工作

现在，我想使用一个shell脚本运行一批多个Snakemake运行，每个运行都提供不同的Illumina paired end reads以供使用。我目前只测试一条规则

例如：

snakemake --config \
outdir=testoutputfolder/ \
illumina_input=["sample1/forward.fastq","sample1/reverse.fastq"] -r short_read_trimming

snakemake --config \
outdir=testoutputfolder/ \
illumina_input=["sample2/forward.fastq","sample2/reverse.fastq"] -r short_read_trimming

蛇形锉的一部分

规则所有：
输入：
配置[“outdir”]+“参考数据缩短/修剪/照明1_修剪_配对.fq”，配置[“outdir”]+“参考数据缩短/修剪/照明2_修剪_配对.fq”
规则短\u读取\u修剪：
输入：
配置[“照明输入”]
输出：
[config[“outdir”]+“参考数据缩短/修剪/illumina1\u修剪\u配对.fq”，
config[“outdir”]+“参考数据短读/修剪/照明2_修剪_配对.fq”]
外壳：
“java-jar{config[trimmoatic_loc]}PE{input[0]}{input[1]}”\
{config[outdir]}参考数据缩短/trimmed/illumina1\u trimmed\u paired.fq{config[outdir]}参考数据缩短/trimmed/illumina1\u trimmed\u unpaired.fq\
{config[outdir]}参考数据缩短/trimmed/illumina2\u trimmed\u paired.fq{config[outdir]}参考数据缩短/trimmed/illumina2\u trimmed\u unpaired.fq\
{config[trimmomatic_params]}”

当我尝试运行此代码时，我收到以下错误

Invalid config definition: Config entries have to be defined as name=value pairs.

我似乎不知道如何通过命令行向Snakemake配置提供列表。我试着去掉括号和逗号，并用空格代替它们，但似乎没有任何效果

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有人有什么想法吗？

差不多了，只需删除列表中项目之间的空格即可

snakemake --config \
outdir=testoutputfolder/ \
illumina_input=["sample2/forward.fastq","sample2/reverse.fastq"]

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我已经尝试过了，但是在所有需要列表变量的规则中，我都会不断收到以下错误消息<代码>Snakefile第29行缺失输入异常：缺少规则质量控制的输入文件\u原始\u缩写：[Serge/参考数据缩写/Candidatus carsonella ruddii/illumina1.fq，Serge/参考数据缩写/Candidatus carsonella ruddii/illumina2.fq]顺便说一句，我指定了两个文件的完整绝对路径。；）@SergeW指出，错误消息表明snakemake接受配置中的illumina_输入，并在其他地方崩溃。我没有足够的信息来理解这一切发生在哪里，我能理解。我添加了一些关于这个问题的新信息。也许我应该把这两个字符串作为单独的变量来解决这个问题？