Arrays 具有多个输入的SGE阵列作业

因此，我想获得一些帮助来创建一个shell脚本，它允许我提交一个数组作业，其中每个作业都有多个输入文件。我如何运行每个作业有一个输入的数组作业的示例如下：

DIR=/WhereMyFilesAre 
LIST=($DIR/*fastq) #files I want to process
INDEX=$((SGE_TASK_ID-1))
INPUT_FILE=${LIST[$INDEX]}

bwa aln ${DIR}/referencegenome.fasta $INPUT_FILE > ${INPUT_FILE%.fastq}.sai

所以，基本上我想做的是类似的事情，除非我有两个或更多的文件列表，而不是一个。这些文件需要正确配对。例如，如果我有File1_A.txt、File1_B.txt、File2_A.txt、File2_B.txt，以及类似于

program input1 input2 > output

我希望生成的作业的线条看起来像

program File1_A.txt File1_B.txt > File1.txt

program File2_A.txt File2_B.txt > File2.txt

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正如您所指定的，如果两个输入文件的命名术语是固定的，除了$INDEX，那么只需在作业脚本中使用SGE_TASK_ID作为索引即可：

program File${SGE_TASK_ID}_A.txt File${SGE_TASK_ID}_B.txt > File${SGE_TASK_ID}.txt

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您能不能在原始脚本中复制LIST、INDEX、INPUT_文件，这样您就可以编写程序$INPUT_文件1$INPUT_文件2>resultfile$INDEX.txt？我正在使用qmake（GNU make for SGE）处理此类作业和XML：请参阅示例。