Arrays 对循环文件应用预定义筛选器_Arrays_Bash_If Statement

Arrays 对循环文件应用预定义筛选器

arrays bash if-statement

Arrays 对循环文件应用预定义筛选器,arrays,bash,if-statement,Arrays,Bash,If Statement,我有一些bash循环脚本，它循环文件并对它们做一些事情 for pdb in ${output}/*.pdb ; do name=$(basename "$pdb") echo "I am sending ${name} to some place!" done 现在，我想在循环中引入一些过滤器，只传递文件，而在$name的任何部分都没有一些关键字，这样就排除了所有定义了关键字的文件为了实现，我想在一个数组中设置所有关键字 #For a file with that keywords wit

我有一些bash循环脚本，它循环文件并对它们做一些事情

for pdb in ${output}/*.pdb ; do
name=$(basename "$pdb")
echo "I am sending ${name} to some place!"
done

现在，我想在循环中引入一些过滤器，只传递文件，而在$name的任何部分都没有一些关键字，这样就排除了所有定义了关键字的文件

为了实现，我想在一个数组中设置所有关键字

#For a file with that keywords within the name the script should stop and loop another file etc
declare -a keywords=('apo' 'Apo' 'APO' 'sauf');

#workflow for a signle keyword "apo"
 for traj in ${all_trr}/*.xtc; do
 traj_name3=${traj##*/[0-9][0-9]_[0-9][0-9]_[0-9][0-9][0-9][0-9].}
 if [[ "$traj_name" != *apo* ]]
 then
#begins loop from the another file
  echo "I am sending ${traj_name} to analysis"
  #break 
 else
  echo "I am not sending ${traj_name} to analysis"
  continue
 fi
done

因此，我需要对数组调整此工作流程：1）将每个文件名与数组元素进行比较，3）仅在不匹配时将其发送到脚本。例如，我有一个名称复杂的文件，其中关键字出现在不同的部分：

08_29_2017.gromacs_AT1_dry_sauf.1rep.step7_1.pdb
08_29_2017.gromacs_AT1_dry_Apo.1rep.step7_1.pdb
08_29_2017.gromacs_AT1_wat_apo.3rep.step7_1.pdb
08_30_2017.gromacs_AT1_wat_Na.2rep.step7_1.pdb

仅此而已

08_30_2017.gromacs_AT1_wat_Na.2rep.step7_1.pdb

应该转到

echo "I am sending ${name} to some place!"

同时，如果我的文件只有一个关键字，例如apo

08_29_2017.gromacs_AT1_dry_apo.1rep.step7_1.pdb
08_29_2017.gromacs_AT1_dry_apo.1rep.step7_1.pdb
08_29_2017.gromacs_AT1_wat_apo.3rep.step7_1.pdb
08_30_2017.gromacs_AT1_wat_Na.2rep.step7_1.pdb

此外，只应处理最后一个文件（但数组应包含许多10-15个关键字，包括“apo”）

对于您现有的代码，有几点我不理解：

您的模式替换

traj#u name3=${traj##*/[0-9]…}

似乎没有用。我错过什么了吗？我会压制它

您分配了一个名为

traj_name 3

的变量，但随后使用了一个名为

traj_name

的变量。打字错误

显示

*.pdb

文件名示例，但代码查找

*.xtc

。打字错误我假设它是

*.pdb

您没有为文件名提供清晰的模式。如果您的关键字与文件名中的任何位置匹配，我将假定您希望跳过一个文件

这是固定的，类似以下的东西应该可以工作：

declare -a keywords=('apo' 'Apo' 'APO' 'sauf');
for traj in ${all_trr}/*.pdb; do
    for keyword in "${keywords[@]}"; do
        if [[ "$traj" == *$keyword* ]]; then
            echo "I am not sending $traj to analysis"
            continue 2 # continue outermost loop
        fi
    done
    echo "I am sending $traj to analysis"
done