Arrays 在PostgreSQL中屏蔽和映射对齐的一维数组
我正在PostgreSQL中搜索支持来处理蛋白质序列的任务，这些任务似乎很普通，以至于我怀疑我没有应用正确的Google查询词，也没有以最佳方式定义问题。我知道PostBIS和PostBio，但它们似乎更侧重于检测序列关系，而不是应用它们 我最初寻找的基本函数大致如下： 屏蔽：给定array1..n个字符和array2 1..n个（bool等价物），返回由array2屏蔽的array3（在array1中，如果array2为'false'，则为空或拼接列）。或者，array2可以是起始和结束位置，而不是完整的n列 映射：给定array1..n，array2 1..m，以及一些告诉我的映射，例如array1中的第10列是array2中的第28列，返回array3，其在映射的array1位置具有array2值。同样如上所述，映射实现可以是对齐段的开始和结束位置，而不是每个方向上的完整n和m列映射 我可以设想在数据库表中使用sequenceID、sequenceIndex和alignMap列来执行此操作，但这似乎会生成大量行（每个序列位置）来进行索引和连接，而我的软件访问数据库时通常希望处理全序列块 我是否应该考虑现有的模块或方法？带unnest和array_agg的优雅表达式（请概述）？PostgreSQL中的数组对我来说是新的，但我了解到，使用例如perl，数据库内部的处理通常比外部的处理快。我目前的PostgreSQL版本是9.1，但预计很快会升级到9.2Arrays 在PostgreSQL中屏蔽和映射对齐的一维数组,arrays,postgresql,mapping,sequence,bioinformatics,Arrays,Postgresql,Mapping,Sequence,Bioinformatics,我正在PostgreSQL中搜索支持来处理蛋白质序列的任务，这些任务似乎很普通，以至于我怀疑我没有应用正确的Google查询词，也没有以最佳方式定义问题。我知道PostBIS和PostBio，但它们似乎更侧重于检测序列关系，而不是应用它们 我最初寻找的基本函数大致如下： 屏蔽：给定array1..n个字符和array2 1..n个（bool等价物），返回由array2屏蔽的array3（在array1中，如果array2为'false'，则为空或拼接列）。或者，array2可以是起始和结束位置，
这一点的一个应用是蛋白质序列A与结构Z对齐，因此A的特征“x”出现在Z上的什么地方？一些功能可以写入：
CREATE OR REPLACE FUNCTION mask(anyarray, boolean[])
RETURNS anyarray AS $$ SELECT ARRAY(SELECT $1[i]
FROM generate_subscripts($1,1) g(i)
WHERE $2[i])$$ LANGUAGE sql;
postgres=# SELECT mask(ARRAY['A','B','C','D'], ARRAY[true, false, true, false]);
mask
-------
{A,C}
(1 row)
CREATE OR REPLACE FUNCTION map(anyarray, int[])
RETURNS anyarray AS $$ SELECT ARRAY(SELECT $1[i]
FROM generate_subscripts($1,1) g(i)
ORDER BY $2[i])$$ LANGUAGE sql;
postgres=# SELECT map(ARRAY['A','B','C','D'], ARRAY[4,3,2,1]);
map
-----------
{D,C,B,A}
(1 row)