Awk 将文件中的每一列与另一个文件中的一列进行比较

我有

file1.gz

看起来像

NC_044998.1     4013    0       TT      2       GG      0       TT      0       TT      0       TT      
NC_044998.1     4016    0       TT      0       TT      0       TT      2       GG      0       TT      
NC_044998.1     4017    0       TT      0       TT      0       TT      0       TT      0       TT      
NC_044998.1     4018    0       TT      0       TA      0       TT      0       TT      0       TT      
NC_044998.1     4019    2       CC      2       CC      2       CC      2       CC      2       CC      

我需要比较

$1，$2

，加上

文件1

中每隔一列的每个字母（

$1，$2，$4的字母1

，然后

$1，$2，$4的字母2

，然后

$1，$2，$6的字母1

，然后

$1，$2，字母2

等等）到

文件2的
$1，

chromo  position        major   minor   ref     anc     knownEM nInd
NC_044998.1     4013    T       G       T       T       0.000000        1
NC_044998.1     4016    G       T       G       G       0.000000        1
NC_044998.1     4018    T       A       T       T       0.000000        1
NC_044998.1     4019    G       A       G       G       0.000000        1
NC_044998.1     3760    G       A       G       G       0.000000        1

如果有匹配项，则添加“
ref
”，否则添加“
dev
”。每个比较的结果都可以追加到最后一列，如下面的输出中所示

    NC_044998.1     4013    0       TT      2       GG      0       TT      0       TT      0       TT  ref ref dev dev ref ref ref ref ref ref  
    NC_044998.1     4016    0       TT      0       TT      0       TT      2       GG      0       TT  dev dev dev dev dev dev ref ref dev dev        
    NC_044998.1     4017    0       TT      0       TT      0       TT      0       TT      0       TT      
    NC_044998.1     4018    0       TT      0       TA      0       TT      0       TT      0       TT  ref ref ref dev ref ref ref ref ref ref     
    NC_044998.1     4019    2       CC      2       CC      2       CC      2       CC      2       CC  dev dev dev dev dev dev dev dev dev dev 

试图分两步解决

隔列拆分

awk 'BEGIN {FS = OFS = "\t"} {for (i=4; i<=12; i+=2) {sub(/./,"&\t",$i)1;} print $0};' file1

awk'BEGIN{FS=OFS=“\t”}{for（i=4；i您可以使用此
awk
：

awk'开始{
FS=OFS=“\t”
}
FNR==NR{
地图[$1，$2]=5美元
下一个
}
地图（1美元，2美元）{
我感谢你！这些天对我来说真的几乎是一个awk训练营！
| awk 'BEGIN {FS=OFS="\t"} FNR==NR {a[$1,$2,$5]; next} FNR==1 { next } {for (i=4; i<=12; i+=3) {print $0, (($1,$2,$4) in a ? "ref":"dev"), (($1,$2,$i + 1 ) in a ? "ref":"dev")}}' file2 -

NC_044998.1 4013    0   TT  2   GG  0   TT  0   TT  0   TT ref ref dev dev ref ref ref ref ref ref
NC_044998.1 4016    0   TT  0   TT  0   TT  2   GG  0   TT dev dev dev dev dev dev ref ref dev dev
NC_044998.1 4017    0   TT  0   TT  0   TT  0   TT  0   TT
NC_044998.1 4018    0   TT  0   TA  0   TT  0   TT  0   TT ref ref ref dev ref ref ref ref ref ref
NC_044998.1 4019    2   CC  2   CC  2   CC  2   CC  2   CC dev dev dev dev dev dev dev dev dev dev