使用awk更改文本文件格式

我有一个类似以下示例的文本文件：

chr10:100007446-100008677   153 154
chr8:100007446-100008677    165 166
chr6:100007446-100008677    170 171
chr1:100007446-100008677    2   3

我想更改文件中的某些元素

在输入文件中，列以选项卡分隔

在第一列中，我只想保留

“chr”

及其后的数字，如下面的输出

2nd

列是

“第1列中“：”之后的第一个数字”

加上相应行第2列中的数字

第三列的

是
“第二列中的新数字+1”
以下是预期输出的一个小示例：

chr10   100007599   100007600
chr8    100007611   100007612
chr6    100007616   100007617
chr1    100007448   100007449

我在

awk

中编写了以下代码：

awk -F "\t"":""-" ' {print $1 = $1,  print $2 = $2+4, print $2 = $2+$4+1}' file.txt > out.txt

---

但它没有返回我想要的。您知道如何修复它吗？

下面的

awk

可能会有帮助

awk '{split($0,a,"[:-]");print a[1],a[2]+$2,a[2]+$2+1}'  Input_file

解决方案二：

---

这应该能奏效

awk -F ":|-|[[:blank:]]*" '{print $1,$2+$4,$2+$4+1}' file

这将产生：

chr10 100007599 100007600
chr8 100007611 100007612
chr6 100007616 100007617
chr1 100007448 100007449

如果希望输出以制表符分隔，可以使用（根据William Pursell的建议）

或

这导致：

chr10   100007599       100007600
chr8    100007611       100007612
chr6    100007616       100007617
chr1    100007448       100007449

注意：因此不允许逐字显示制表符

此外，如果您确定输入仅包含制表符而不包含空格，则可以使用

-F:|-|t“

定义字段分隔符

---

备注：注意标签是邪恶的。它们可以被认为是很好的字段分隔符，但当您在编辑器或屏幕上可视化它时，一切都取决于系统如何解释选项卡的宽度。是4、8还是17？

只需要s='\t'（我想我是在解释“输入文件中的列是制表符分隔的”，意思是所需的输出包含制表符…）@williampersell我已经相应地更新了答案。

$ awk -F'[-:\t]' -v OFS='\t' '{t=$2+$4; print $1, t, t+1}' file
chr10   100007599       100007600
chr8    100007611       100007612
chr6    100007616       100007617
chr1    100007448       100007449

awk 'BEGIN{FS=":|-|[[:blank:]]*";OFS="\t"}
     {print $1,$2+$4,$2+$4+1}' file

chr10   100007599       100007600
chr8    100007611       100007612
chr6    100007616       100007617
chr1    100007448       100007449

$ awk -F'[-:\t]' -v OFS='\t' '{t=$2+$4; print $1, t, t+1}' file
chr10   100007599       100007600
chr8    100007611       100007612
chr6    100007616       100007617
chr1    100007448       100007449