Awk：有条件的恢复线

我想从另一个文件创建一个文件，只保留一些与列中的模式匹配的行

基本文件的一部分：

"1","rs543921925","ENSG00000187634","ENST00000616125","intron_variant"
"2","rs543921925","ENSG00000187634","ENST00000620200","intron_variant"
"3","rs543921925","ENSG00000187634","ENST00000617307","intron_variant"
"4","rs146327803","ENSG00000187634","ENST00000420190","missense_variant"
"5","rs146327803","ENSG00000187634","ENST00000437963","missense_variant"
"6","rs146327803","ENSG00000187634","ENST00000342066","missense_variant"
"7","rs146327803","ENSG00000187634","ENST00000618181","missense_variant"

我想要的文件：

"4","rs146327803","ENSG00000187634","ENST00000420190","missense_variant"
"5","rs146327803","ENSG00000187634","ENST00000437963","missense_variant"
"6","rs146327803","ENSG00000187634","ENST00000342066","missense_variant"
"7","rs146327803","ENSG00000187634","ENST00000618181","missense_variant"

我试过：

awk -F'"' '$9 ~ /missense_variant/ { print $0 }'base_file.txt

---

但是它不起作用。

你可以自己轻松地解决这个问题：

$ awk -F'"' 'NR==1{for (i=1; i<=NF; i++) print NF, i, "<" $i ">"}' file
11 1 <>
11 2 <1>
11 3 <,>
11 4 <rs543921925>
11 5 <,>
11 6 <ENSG00000187634>
11 7 <,>
11 8 <ENST00000616125>
11 9 <,>
11 10 <intron_variant>
11 11 <>

---

$awk-F''NR==1{for（i=1；i你可以自己轻松地解决这个问题：

$ awk -F'"' 'NR==1{for (i=1; i<=NF; i++) print NF, i, "<" $i ">"}' file
11 1 <>
11 2 <1>
11 3 <,>
11 4 <rs543921925>
11 5 <,>
11 6 <ENSG00000187634>
11 7 <,>
11 8 <ENST00000616125>
11 9 <,>
11 10 <intron_variant>
11 11 <>

$awk-F'''NR==1{for（i=1；i我认为有时最好使用实际的文件分隔符

$ awk -F, '$NF=="\"missense_variant\"" base_file.txt

可能是您想要的。
我认为有时最好使用实际的文件分隔符

$ awk -F, '$NF=="\"missense_variant\"" base_file.txt

这可能是您想要的。
的确
awk
脚本可以实现这一点，但是
grep
更简单

您的脚本错误是字段分隔符：

awk -F',' '$5 ~ /missense_variant/ { print }' base_file.txt

效果很好

但grep更简单

grep "missense_variant\"$" input.txt

事实上，
awk
script可以做到这一点，但是
grep
更容易、更简单

您的脚本错误是字段分隔符：

awk -F',' '$5 ~ /missense_variant/ { print }' base_file.txt

效果很好

但grep更简单

grep "missense_variant\"$" input.txt

谢谢你所有的建议，它们很好用，我看最适合我的问题的建议谢谢你，它们很好用，我看最适合我的问题的建议谢谢你把$9~/missense\u variant/
改成$10~/missense\u variant/

，但是在此之前，在orignial命令中尝试打印

$9

，看看它是什么。您将意识到它永远不会匹配

missense\u variant

。对，因为第一个“是$1”之前的空字符串，您也可以使用

grep'“missense\u variant”$

，并且在awk命令中，您可以忽略

{print$0}

--谢谢你，的确，我太快了，看不出哪一列是正确的。每一行都以“开始”开头，这让我很难受。感谢您对我的粗心大意给予了启发。将

'$9~/missense\u variant/

更改为

'$10~/missense\u variant/

，但在此之前，请在orignial命令中尝试打印

$9

，然后查看它是什么。您将意识到它永远不会匹配

missense\u variant

。对，因为fir之前的空字符串st是$1你也可以使用

grep'missense\u variant“$”

，在你的awk命令中，你可以省略

{print$0}

——谢谢你，确实，我太快了，我没有看到哪一列是正确的。我很难理解每一行的开头都是“。感谢您对我的粗心给予启发。请投票选出有价值的答案，并在最佳答案上打分。请投票选出有价值的答案，并在最佳答案上打分。