Bash 我希望能够从一行中提取两个不同的序列

我希望能够从一行中提取两个不同的序列

例如：

atgttg tca aat tca tgg atc atg ttg tca aat tca tgg atctag

我想创建一个循环，程序将从第一个atg读取到标记，将该序列输出到一个文件中，并将第二个atg读取到标记，将该序列输出到同一个文件中

我想要的输出：

atg ttg tca aat tca tgg atc atg ttg tca aat tca tgg atc tag
atg ttg tca aat tca tgg atc tag

我该怎么办

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谢谢您的帮助。

请尝试以下操作：

str="atg ttg tca aat tca tgg atc atg ttg tca aat tca tgg atc tag"
start="atg"    # start marker of the sequence
end="tag"      # end marker of the sequence

read -r -a ary <<< "$str"
for (( i=0; i<${#ary[@]}; i++ )); do
    if [[ ${ary[$i]} = $start ]]; then
        index_s+=("$i")
    elif [[ ${ary[$i]} = $end ]]; then
        index_e+=("$i")
    fi
done

s=${index_s[0]}; n=$(( ${index_e[0]} - ${index_s[0]} + 1 ))
echo "${ary[@]:$s:$n}" > "result.txt"
s=${index_s[1]}; n=$(( ${index_e[0]} - ${index_s[1]} + 1 ))
echo "${ary[@]:$s:$n}" >> "result.txt"

[如何工作]

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• read-r-a ary当您最多需要2个序列时，您可以
  grep
  在原始字符串和修改后的字符串中：
  
  s='atg ttg tca aat tca tgg atc atg ttg tca aat tca tgg atc tag'
  printf "%s\n" "$s" "${s#*atg}" | grep -Eo "atg.*tag"
  
  如果要在可用时提取2个以上的子字符串，则需要一个循环
  
  s='atg ttg tca aat tca tgg atc atg ttg tca aat tca tgg atc tag'
  while [ "$s" ]; do
     s=$(grep -Eo "atg.*tag" <<< "$s")
     if [ "$s" ]; then
        echo "$s"
        s="${s#atg}"
     fi
  done
  
  s='atg ttg tca aat tca tgg atc atg ttg tca aat tca tgg atc标签'
  而[“$s”]；做
  s=$（grep-Eo“atg.*tag”输出是什么？您尝试过什么？理想情况下，输出是：atg ttg tca aat tca tgg atc atg ttg tca aat tca tgg atc tag&atg ttg tca aat tca tgg atc tag。我是一个使用bash的初学者。我没有尝试过任何东西，因为我不知道如何解决这个问题：/
  s='atg ttg tca aat tca tgg atc atg ttg tca aat tca tgg atc tag'
  while [ "$s" ]; do
     s=$(grep -Eo "atg.*tag" <<< "$s")
     if [ "$s" ]; then
        echo "$s"
        s="${s#atg}"
     fi
  done