Bash 根据列表对路径更改的所有文件执行mv

我有两个问题

我有一个file.txt，每行有一个物种的名称，例如：

specie1
specie2
specie3
...

我想在以下路径中创建一个名为new_dir的新dir

/specie_1/run_busco/run_specie_1_ok_v3/
/specie_2/run_busco/run_Specie_2_ok_v3/
/specie_3/run_busco/run_Specie_3_ok_v3/

要获得：

/specie_1/run_busco/run_specie_1_ok_v3/new_dir
/specie_2/run_busco/run_Specie_2_ok_v3/new_dir
/specie_3/run_busco/run_Specie_3_ok_v3/new_dir

我的第二个问题也一样，但现在我想将一些文件移到新创建的目录中，例如，我将一些文件移到run_specie_X_ok_v3/中，例如：

/specie_1/run_busco/run_specie_1_ok_v3/
seq1.faa
seq2.faa
seq3.faa

/specie_2/run_busco/run_Specie_2_ok_v3/
seq1.faa
seq2.faa
seq3.faa

/specie_3/run_busco/run_Specie_3_ok_v3/
seq1.faa
seq2.faa
seq3.faa

我想为所有目录做一个新的目录

你知道怎么做吗？我的意思是，我的问题是因为路径根据物种名称一直在变化

我曾尝试过这样做：

cat file.txt | while read line
do
    echo mkdir '/'$file'/run_busco/run_'$file'_ok_v3/new_dir'
done

然后我运行生成的所有脚本。 第二个问题也是如此：

cat file.txt | while read line
do
    echo mv '/'$file'/run_busco/run_'$file'_ok_v3/*.faa new_dir'
done

---

用

$line

替换

$file

，您就不需要echo了

cat file.txt | while read line; do mkdir "/$line/run_busco/run_$line_ok_v3/new_dir"; done


cat file.txt | while read line; do mv "/$line /run_busco/run_${line}_ok_v3/*.faa new_dir"; done

---

你试过这个吗？在不共享任何代码的情况下，需要提出很多要求是的，当然你可以这样做。您可以通过简单的参数扩展（字符串索引或删除子字符串）隔离

种类

和

x

，然后使用这两个子字符串形成所需的路径并执行移动。你尝试了什么？我更新了我的帖子，谢谢。我有一个问题，它说：没有这样的文件或目录，因为它理解以下路径。faa和跳过part.mv需要两个参数，第一个是源路径，第二个是目标路径。我已经看到你有问题了，这是我的脚本：

cat文件_all_species_name.txt |在读行时；do mv“/path/data/$line/run\u-busco/run\u-line\u-busco\u v3/single\u-copy\u-busco\u-sequences/*.fna/path/data/$line/run\u-busco/run\u-line\u-busco\u v3/single\u-copy\u-busco\u-sequences/single\u-copy\u-busco\u-核苷酸”；完成

，我有两个问题；第一个是缺少的目的地，但我仍然放了路径目的地，第二个是源路径不正确，因为它打印：

'/path/data/specie\u 2/run\u busco/run\u/single\u copy\u busco\u sequences/*.fna

而不是

'/path/data/specie\u 2/run\u busco/run\u specie\u busco\u V3/single\u copy\u busco\u sequences/*.fna

现在仍然可以了关于缺少的目的地，我不理解mv的工作方式，如我在上面的脚本中所写的

mv/path/source/path/destination

。在您的mv语句中，我只看到源路径、源和目标部分需要在它们之间加空格