Bash在不同目录中的文件上循环并打印输出

我在目录

/mypath/mydir/

中有

*.vcf

、

*.vcf.vfidx

和

*.vcf.idx

文件。我只想使用下面的命令（对于文件1）循环查看

.vcf

文件：

用于一个vcf文件的命令：

vcf-subset -c sample.txt vcffile1.vcf | bgzip  -c > output_vcfile1.vcf_.vcf.gz

---

有人能帮助循环所有的.vcf（不是

vcf.vfidx

或

vcf.idx

）文件，并使用上面显示的命令获取指定目录中每个文件的输出吗？/get/inthis/dir/

for i in *.vcf; do echo "$i"; done

全局模式

*.vcf

将只匹配以

.vcf

结尾的文件

你的命令：

for i in *.vcf; do
    vcf-subset -c sample.txt "$i" | bgzip  -c > /get/inthis/dir/output_"$i"_.vcf.gz
done

---

如果必须在特定目录中搜索

.vcf

文件，例如

/foo/bar/

，请执行以下操作：

for i in /foo/bar/*.vcf; do
    vcf-subset -c sample.txt "$i" | bgzip  -c > /get/inthis/dir/output_"${i##*/}"_.vcf.gz
done

---

谢谢，但您如何提及查找vcf文件的目录以及打印输出文件的目录？谢谢。所以

$i

表示这里的每个

.vcf

文件？它不会在任何

.vcf.vcfidx

文件上循环？我只是想澄清一下……谢谢。如果您在/foo/bar/*.vcf中为i指定了

，那么如何在
$i
之前指定
.vcf
文件的目录路径；如果执行

，它将打印

/get/inthis/dir/output_“$i”\uu.vcf.gz

中的

$i

的完整路径，生成错误：

没有这样的文件或目录

。搜索文件的最佳方法是什么，并且文件名只在

$i

中，而不是在全文中path@MAPK是的，这称为参数扩展..检查man bash的参数扩展部分