Bash 一个方便的脚本，用于逐个为目录中的所有文件执行程序

我有61个.fastq文件，我想分别为每个文件运行一个应用程序，生成61个输出文件，那么如何编写脚本以避免列出所有61个文件呢？我尝试了几个简单的脚本，因为我不是专业人士，但在运行时，程序无法打开fastq文件，然而，当我只为一个文件运行程序时，打开它没有问题。 你认为，从技术上讲，下面的脚本是正确的，应该有效吗？还是我遗漏了什么

samples="$(ls data)"
echo ${samples} | tr " " "\n" | while read sample; do
    gsnap -D ./cinxia  ./data/${sample}.fastq ; done

或

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我希望程序gsnap对我的61个fastq文件中的每一个都运行，并且每次都以相同的文件名给我一个结果。第二个更好，嗅探ls的输出是不好的。我认为，如果文件名中有某些字符，您可能会遇到麻烦，但只要您知道输入文件名是正常的，就可以不使用引号，如下所示：

for sample in /data/*.fastq; do
    gsnap -D ./cinxia "./data/${sample}.fastq"
done

例如，如果您的文件名中有空格，则引号将使其如此：

gsnap -D ./cinxia "./data/file name with spaces.fastq"

您可以看到，如果没有引号，命令行将看到很多单词而不是一个文件。在bash中处理引用和扩展时要小心，这很混乱！在某些情况下，即使使用引号，也会得到不好的结果

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如果您有一个名为badfile的文件，会发生什么；rm-rf/？

第二个更好，嗅探ls的输出是不好的形式。我认为，如果文件名中有某些字符，您可能会遇到麻烦，但只要您知道输入文件名是正常的，就可以不使用引号，如下所示：

for sample in /data/*.fastq; do
    gsnap -D ./cinxia "./data/${sample}.fastq"
done

例如，如果您的文件名中有空格，则引号将使其如此：

gsnap -D ./cinxia "./data/file name with spaces.fastq"

您可以看到，如果没有引号，命令行将看到很多单词而不是一个文件。在bash中处理引用和扩展时要小心，这很混乱！在某些情况下，即使使用引号，也会得到不好的结果

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如果您有一个名为badfile的文件，会发生什么；RM- R//

< P>虽然IZZY的回答是正确的和直截了当的，如果你正在寻找一个性能提升，等待正确性检查和基准测试，你可能想考虑以下方法：

find data -name *.fastq -type f -maxdepth 1 -print0 2>/dev/null \
  | xargs -0 -n1 -I{} -P"$(nproc)" gsnap -D ./cinxia "{}"

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xargs-p可以帮助将gsnap调用并行化到不同的级别，nproc会告诉它当前进程可用的处理单元数量可能少于在线处理器的数量。

虽然izzy的答案是正确和直接的，但如果您希望在进行正确性检查和基准测试之前提高性能，您可能希望考虑以下方法：

find data -name *.fastq -type f -maxdepth 1 -print0 2>/dev/null \
  | xargs -0 -n1 -I{} -P"$(nproc)" gsnap -D ./cinxia "{}"

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xargs-p可以帮助将gsnap调用并行化到不同的级别，nproc会告诉它当前进程可用的处理单元数量可能少于联机处理器的数量。

欢迎使用堆栈溢出！看看这本书。这两个脚本可能都能工作，所以不清楚问题出在哪里。请发布错误消息。请参阅和以供参考。这是打字错误吗${sample}。我想我抓到你了！我不应该提到${sample}.fastq，我应该只提到${sample}，因为我注意到它添加了一个额外的.fastq！是吗？是的，这正是我的意思，你可能会发现它最容易用于像这样的任务。欢迎使用堆栈溢出！看看这本书。这两个脚本可能都能工作，所以不清楚问题出在哪里。请发布错误消息。请参阅和以供参考。这是打字错误吗${sample}。我想我抓到你了！我不应该提到${sample}.fastq，我应该只提到${sample}，因为我注意到它添加了一个额外的.fastq！对吗？是的，这正是我的意思，你可能会发现使用Make来完成这样的任务是最容易的。如果你试图使用它的值来计算一个字符串，那么你的最后一个就成了问题。普通的分词和路径名扩展不会尝试删除任何内容。即使使用引号，有时也会用时髦的文件名得到不好的结果。这仅适用于可以解释为选项的文件名，如-rf foobar。在这种情况下，只需在文件名rm-$sample前加一个双破折号，或者像本例中那样使用点斜杠即可。@wjandrea和chepner感谢您的澄清。如果手头没有外壳和手册，我通常记不起各种拆分和扩展的顺序，因此我倾向于过于谨慎。我将编辑这篇文章以澄清问题。如果您试图评估使用其值生成的字符串，那么您的最后一篇文章只是一个问题。普通的分词和路径名扩展不会尝试删除任何内容。即使使用引号，有时也会用时髦的文件名得到不好的结果。这仅适用于可以解释为选项的文件名，如-rf foobar。在这种情况下，只需在文件名rm-$sample前加一个双破折号，或者像本例中那样使用点斜杠即可。@wjandrea和chepner感谢您的澄清。如果手头没有外壳和手册，我通常记不起各种拆分和扩展的顺序，因此我倾向于过于谨慎。我会编辑这篇文章 澄清。