C 使用omp parallel（但不是按顺序）时出现分段错误

我在使用#pragma omp并行程序进行

基本上，我有几百个DNA序列，我想对一个叫做NNLS的算法运行

我认为并行执行会给我一个很好的加速，所以我应用了#pragma操作符

当我按顺序运行它时，没有问题，结果很好，但是当我使用#pragma omp parallel运行它时，我在算法中得到一个segfault（有时在不同的点）

#pragma omp parallel for
对于（int i=0；i数据项名称，“…”）==0 | | strcmp（目录项->数据项名称，“.”==0）{
继续；
}
sprintf（文件名，“%s/%s”，输入\u fasta\u目录，目录\u条目->d\u名称）；
double*count\u matrix=加载\u count\u matrix（文件名、宽度、公里数）；
//规格化_矩阵（计数_矩阵，1，宽度）
对于（z=0；z

gdb总是在我的线程中以不同的品脱退出，所以我无法找出哪里出了问题

我所尝试的：

• 为每个矩阵分配一份副本，这样它们就不会相互重叠
• 对#pragma片段混合使用私有/共享运算符
• 使用不同的输入序列
• 在调用NNL之前，写出我的训练矩阵和计数矩阵，确保它们看起来正常。（他们有！）

我有点不知所措。有人有什么建议吗？

定义“#pragma omp parallel for”并不能满足您的需求。根据你的算法，你必须有一个坚实的计划，在处理器之间哪些变量是共享的，哪些是私有的

看看这一点，您应该可以快速了解如何在线程之间正确地共享工作

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根据您的陈述“我在算法中得到一个segfault（有时在不同的点）”，我认为线程之间存在竞争条件或变量初始化不当。

函数readdir不是线程安全的。引用readdir（3）的Linux手册页：

考虑将对readdir的调用放在一个关键部分中。在离开临界区之前，将readdir（）返回的文件名复制到本地临时变量，因为进入临界区的下一个线程可能会覆盖它

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也考虑用临界区段保护输出操作，否则来自不同线程的输出可能会混杂在一起。

解决方案：确保在多线程（函数F2C翻译器）

时，在函数中不使用静态变量。很可能的原因是堆栈限制。正如MutantTurkey提到的，如果您有很多静态变量（比如子例程中定义的巨大数组），它们可能会耗尽堆栈

要解决这个问题，首先运行

ulimit-s

，检查进程的堆栈限制。您可以使用

ulimit-s unlimited

将其设置为ulimited。然后，如果它仍然崩溃，尝试通过将

OMP\u STACKSIZE

环境变量设置为一个大值来增加OPENMP的堆栈，如

100MB

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英特尔公司在伦敦举行了一次讨论会。它有更多关于堆栈和堆内存的信息。

据我所知，本地声明的变量是自动私有的。即使添加共享（训练的_矩阵）也不能解决问题。谢谢你的快速报道，真是太棒了！gdb并不表示错误在readdir中，并且文件被正确读取，错误实际上在算法调用中

The data returned by readdir() may be overwritten by subsequent  calls  to  readdir()
for the same directory stream.