模式文件返回所有行而不是目标的grep

我尝试使用grep在第二个文件中使用模式列表对文件进行子采样。然而，每当我运行它时，grep只返回第一个文件中的所有内容

 grep -A1 -w --file=Fmerg_U1_filtering.txt Fmerg_final.fasta

然而，当我使用这个更麻烦的方法时，它工作得非常好

#!/bin/bash
while read i; do
    grep -A1 -w $i Fmerg_final.fasta
done < Fmerg_U1_filtering.txt

---

很可能，

Fmerg\u U1\u filtering.txt

中的文本有尾随/前导空格

假设有尾随空格，则带有

--file

的grep命令也将尝试匹配这些空格，但是带有

$i

（不带引号）的shell脚本将忽略这些空格

---

因此，请检查文件

Fmerg\u U1\u filtering.txt

，删除前导/尾随空格。

您的

txt

文件中有空行吗？就是这样。谢谢你，马克！或空行。谢谢，这个答案帮助很大

head Fmerg_U1_filtering.txt
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